我国农产品产量高,市场需求量大,农产品行业竞争激烈,在此背景下提出农产品供应链研究。鉴于生鲜农产品自身的特点、大众对食品安全知识的认知、以及大数据背景下我国食品安全事件的曝光,消费者更加追求生鲜农产品的质量。在农产品供应链系统的运行过程中,因为供应链上下游企业间不协调导致产品质量无法保障,所以农户和企业成本居高不下,供应链整体效益受到影响。本文将运用系统动力学和演化博弈的方式研究分析其原因,探索解决之道。首先是进行理论分析,对国内外农产品供应链相关研究进行文献综述。通过阐述农产品供应链、供应链协调优化、政府补贴、演化博弈和系统动力学方法,形成农产品供应链研究的理论基础。其次,研究分析分为两个阶段:（1）为了保障农产品供应端的产品质量,以农户和食品生产商为例进行供应链上下游企业间协调博弈研究。构建农产品供应链系统内双方主体关于农产品质量投入的演化博弈模型,对比不考虑政府补贴和考虑政府补贴前后博弈系统的演化稳定趋势,得出结论:博弈主体的策略选择与质量投入行为与其获得的收益有关,政府采取一定的补贴调控措施可以协调供应链上下游企业关系,从而提升产品质量。（2）基于生鲜农产品供应链优化原则和目标,结合农产品行业背景,在考虑政府补贴的情况下,对契约价格模式下的“农户+企业”供应链进行系统动力学建模。对模型中各变量原因树图进行分析,分析供应链的运行机制,识别其中存在的一些不协调问题;通过对产品质量进行仿真分析,得出结论:政府补贴农户力度越大,对于农产品质量提升的效果越好。最后,总结农产品供应链协调优化方案、优化策略及供应链优化的保障体系建设。即通过政府补贴和企业间的合作机制实现供应链上下游协调;建立标准化生产质量评判体系;建立信息共享平台;建立合理的契约价格协调机制;建立集约化和规模化冷链物流体系。希望为农产品供应链有效运行提供决策参考。