小麦条锈病是活体营养真菌条形柄锈菌小麦专化型（Puccinia striiformis f.sp.tritici）引起的,在全球均有发生,是中国小麦上最具毁灭性的病害。该病害可通过气流远距离传播,引起大流行从而造成危害和减产。中国是世界上最大的小麦条锈病流行区,条锈病发生具有明显的独特性且比较复杂。为了明确全国条锈菌的群体结构和跨区传播对中国小麦条锈病发生的重要作用。本研究对中国小麦条锈病6个流行区（包括15个省份,即越夏区、越冬区、东部流行区、云贵流行区、新疆流行区、西藏流行区）的小麦条锈菌群体和巴基斯坦小麦条锈菌群体进行采样调查分析,旨在明确中国小麦条锈菌群体结构和传播路线,以及西南流行区在全国小麦条锈病发生中的作用;明确小麦条锈菌中国群体及巴基斯坦群体间的传播研究。取得了以下主要结果:1.明确西南流行区在中国小麦条锈病的发生中起作用。研究结果表明中国小麦条锈菌越夏流行区、西藏流行区和越冬流行区基因型多样性较高。地理和流行区域部分结果解释了小麦条锈菌伴随遗传分化进行分组（Fst=0.005～0.344）。新疆和西藏流行区具有较少的共享基因型,表明这两个地区是相对独立的流行区。在其他流行区（即西南中部、东部和西北流行区）,通过对MLG、Structure结构、DAPC和遗传分化（Fst=0.006～0.073）分析表明这些流行区之间存在着频繁的基因交流。西南云贵流行区对我国小麦主产区锈病流行发挥作用。2.明确中国小麦条锈菌群体与巴基斯坦小麦条锈菌群体相对独立,基因交流主要发生在两国各自群体内部。研究表明巴基斯坦（吉尔吉特-巴尔的斯坦、哈扎拉和阿扎德-查谟和克什米尔）和中国（新疆、青海、西藏、四川、贵州和云南）地区的小麦条锈菌群体的无相同的遗传群组和多位点基因型。巴基斯坦和中国交界地区之间条锈菌群体之间存在明显差异（Fst=0.28）,新疆和吉尔吉特-巴尔蒂斯坦这两个地区条锈菌群体是最为接近的亚群体（Nei’s=0.147）,推测由于它们的地理位置较近。同时这两个群体中都表现出非常高的遗传多样性和重组群体结构,其中中国群体遗传多样性（Genotypic diversity=0.970;r（?）d=0.000）)略高于巴基斯坦（Genotypic diversity=0.902;r（?）d=0.065）。遗传分化和MLG分析表明中国云南、贵州和四川地区的基因交流较多,而巴基斯坦哈扎拉和查谟和克什米尔地区的基因交流较多,推测可能由于喜马拉雅高山地理屏障阻碍了小麦条锈菌远距离传播和基因交流。3.明确了中国部分地区小麦条锈菌群体的致病类型和毒力多样性。从中国甘肃、贵州、四川、陕西、西藏、青海、湖北和云南地区共获得了163个菌株使用18个Avocet Yr单基因系进行了毒力测定。对抗性基因Yr5、Yr10和Yr32的毒力频率较低（低于20%）。在甘肃、贵州、湖北、青海、陕西、四川均未发现对Yr5有毒性菌系,而在西藏和云南检测到。陕西、西藏和云南地区菌系对Yr10均表现无毒性。研究表明甘肃和云南地区小麦条锈菌群体遗传多样性高和有性重组群体与高毒力和毒性多样性相当。上述结果明确了中国小麦条锈菌区域间的传播以及主要流行区在全国小麦条锈病发生中的作用,对中国小麦锈病防控和小麦抗条锈培育和改良具有重要意义。