EMT相关基因对预测头颈部鳞状细胞癌总生存率预后模型的建立和验证

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【目的】头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是最具破坏性的恶性肿瘤之一,尽管治疗方法日益完善,但是其预后仍然很差。越来越多的证据表明,上皮细胞-间充质转化(EMT)相关生物标志物可用于癌症患者的预后预测。本研究旨在开发和验证一种可靠的基于EMT相关基因对的预后模型来预测HNSCC患者的预后。【方法】从TCGA数据库下载表达数据以及相应的临床病理参数和生存随访数据,并将其用作训练数据集。利用单因素Cox回归分析确定与总生存率(OS)显著相关的EMT相关基因对,然后通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)分析筛选用于预后模型构建的EMT相关基因对。根据受试者工作曲线(ROC)确定的最佳截止值,将所有的HNSCC患者分为高和低风险组。采用Kaplan-Meier(K-M)法生成生存曲线,Log-rank检验被用于估计高和低风险组之间差异。独立的外部验证数据集(GSE41613)被用于模型性能的验证。通过比较ROC曲线下的面积(AUC)大小来评估我们新模型和先前建立的两个模型的性能。为了评估该模型在HNSCC临床治疗中的应用,我们评估了不同风险组与常用化疗药物和免疫检查点表达水平之间的相关性。此外,我们还整合了临床病理参数和风险评分,建立了一个可以个体化预测HNSCC患者预后的列线图。【结果】共获得136个与OS相关的EMT相关基因对,经LASSO分析最终得到24个用于模型构建的EMT相关基因对。根据风险得分的最佳临界值0.015将所有HNSCC患者分为高分险组和低分险组,K-M曲线显示高风险组的死亡率高于低风险组,在TCGA和GEO数据集中均如此(P<0.001)。独立预后分析结果表明,分险得分能够作为独立预测因素来预测HNSCC患者的预后(对于TCGA:HR=3.925,95%CI[2.966-5.193],P<0.001;对于GSE41613:HR=2.765,95%CI[1.556–4.914],P<0.001)。与先前建立的两个预后模型相比,我们所建立的模型在预测HNSCC患者的3年OS时性能最优越(AUC值=0.804)。不同风险得分组之间的常用化疗药物和免疫检查点基因表达水平具有统计学差异。通过整合了具有独立预后意义的所有参数,我们成功开发了列线图,可以对HNSCC患者进行个性化预测。校正曲线和C指数均显示出了我们所开发的列线图的准确性。最重要的是,决策曲线分析曲线结果表明,列线图的净收益高于美国癌症分期联合委员会分期系统。【结论】总之,我们的研究使用了一种新的算法开发出了一个可靠的由24个EMT相关基因对组成的预后模型,可以准确地预测HNSCC患者的预后。该新模型有助于区分那些可以从化疗以及免疫治疗中受益的人。此外,结合风险得分和其他临床病理参数建立的列线图能够个体化预测患者生存率。
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