我国现行法院的设置是和地方行政区划密切关联在一起的,各地方法院与地方行政机关的联系也是千丝万缕。这种法院设置体系是造成我国司法地方化、行政化以及司法公信力低下的重要原因,故而,探索如何设立跨行政区划法院以确保依法独立公正行使审判权是新一轮司法改革的重中之重。跨行政区划法院设置的改革将是对我国现有的法院设置体系的一项重大突破。因此,对我国这两种法院设置体系的利弊进行详尽探究是确保成功进行改革的重要前提。与此同时,进行跨行政区划法院的设置也不会是一帆风顺的,必然会存在各种各样的阻碍和困难。如何认识和解决这些难题,也将影响着我国跨行政区划法院设置改革的进程。从实践来看,在国外,跨行政区划法院在西方国家司法区划体制中有可以借鉴的先进经验,在国内,也有一些特殊的跨行政区划法院实践,这都为我国接下来的跨行政区划法院设置提供了经验。跨行政区划法院设置不仅是对司法系统单独进行的改革,而是我国深化国家体制改革的重要组成部分。这也势必牵扯到整个国家的方方面面,并将影响到整个国家权力的运行和效果。因此,在实践中需要更加审慎而行,必须坚持我国跨行政区划法院设置的基本原则。本文也仅仅是从理论方面探讨我国跨行政区划法院设置可能遇到和需要注意的问题,希望可以为这一改革的理论研究与实践起到一定的积极作用。