公司自治理念的发展和公司章程自治空间的扩展,使得公司章程在公司治理机制和商业竞争中的地位及功能日益被重视,公司章程条款个性化和差异化的特征凸显,但也常在法律的边缘徘徊。因而公司章程条款效力纠纷时常发生,疑难案件不断出现,裁判结果混乱,出现同案不同判或同判不同据的现象。究其原因,是司法认定过程中存在法律规范识别困难、缺乏明确的法律规定和司法解释、司法认定无统一标准以及公司章程法律性质理解运用不一致等问题,致使司法认定陷入困境,法律定分止争的功能大打折扣,也不利于商事创新。为解决公司章程条款效力司法认定过程中面临的问题,本文首先在分析公司章程内涵和法律性质的基础上探究公司章程和股东协议、公司自治和国家强制的边界。其次,将常发生效力纠纷的公司章程条款类型化,主要分为排除型条款、补充型条款和细化型条款,通过对这三种类型公司章程条款涉及的典型案例进行分析,梳理裁判者的不同的观点和依据,由此总结出我国目前章程条款效力司法认定的现状。再从理论和方法两方面分析公司章程条款效力司法认定面临的困境。最后,针对现存困境从理念、价值判断和方法补正三个方面对司法认定的路径完善提出建议,以期能在现行的法律体系范围内为公司章程条款效力纠纷案件的司法认定提供一些思路。