当前,创新已经成为引领社会经济发展的第一动力。国内正处于产业结构变革的深水区,是否能够实现从要素驱动到创新驱动的转换对我国下一阶段经济稳定持续发展至关重要。创新效率反应的是对于创新资源利用的有效程度,新形势下,对于区域创新效率的研究极具现实意义。而政府究竟该如何参与到区域创新活动中来,究竟应该采取何种措施才能促进区域创新效率的提高,这些问题的解决对于我国贯彻创新发展战略、提升区域创新能力、打造创新型国家等重大议题至关重要。本文从区域创新系统理论出发,探究了政府在区域创新系统中的地位,总结了政府参与区域创新活动的几种方式;并从创新价值链的视角,将区域创新活动划分为技术研发阶段和经济转化阶段,并阐述了政府行为对不同阶段创新活动的影响机制。进而本文应用了DEA方法中的BCC模型测算了30个省市的两阶段创新效率,并将我国各地区的两阶段的区域创新效率划分为四种类型并进行了简要分析。以30个省市两阶段的创新效率为基础,文章应用Tobit模型分别分析了政府资金投入、政府人才供给、知识产权保护和基础设施建设对技术研发阶段和经济转化阶段创新效率的影响。文章的主要结论如下:(1)考察期间,我国技术研发阶段和经济转化阶段的创新效率平均值分别为0.70和0.69,在应用“技术研发——经济转化”效率矩阵对各省市两阶段创新效率进行划分时,仅有5个省市的创新效率处于高研发、高转化矩阵区域,多数省市处在低研发—高转化和低研发—低转化的状态,说明我国区域之间创新效率的差异较大,整体的效率水平仍然不高。(2)在创新的技术研发阶段,政府的资金支持、政府人才供给、知识产权保护和基础设施建设对区域技术研发效率均具有正向的影响。(3)在创新的经济转化阶段,政府人才供给、政府知识产权保护和基础设施建设均对区域经济转化效率有正向影响,而政府的资金投入对区域经济转化效率则具有不显著的负面影响。最后针对实证部分得到的结论,针对性的提出了几点建议,以期能够为政府制定相关政策提升区域创新效率提供些许指导性意见。