从改革开放至今已有40年,中国经济在持续高速增长的同时存在违背经济规律、缺乏创新的粗放型经济发展方式。行政垄断是中国转轨时期的特色经济制度,形成有其历史原因,在特定的经济环境中,作为一种资源配置的手段,也曾经促进过经济的增长。随着经济社会的不断发展,如今已经成为阻碍中国经济发展、建设创新型国家的制度性制约因素,与国家提出的创新驱动发展战略相背离。地区性行政垄断是政府使用公权力排斥、限制或阻碍市场公平竞争的行为,地方政府出于政治晋升与经济激励的目的有极强的动力去保护本地企业不受外来竞争的冲击,一方面导致受保护企业的行为目标从技术创新转移到寻求行政垄断保护,另一方面阻碍创新资源要素自由流动、引发的资源错配严重造成区域创新效率的损失。文章首先利用系统分析法深入分析了行政垄断的发展历程、特征、形成原因及其危害并细致的阐述了地区性行政垄断与区域创新效率两者之间的内在联系。运用主成分分析法与随机前沿方法分别测算了中国29个省市地区性行政垄断指数与区域创新效率大小,并利用截尾回归模型实证检验地区性行政垄断对区域创新效率的影响,结果表明:从整体上分析,地区性行政垄断与区域创新效率存负相关的关系,地区性行政垄断作为主要解释变量其一次项回归系数为-0.0193,平方项回归系数为0.0061;从纵向分析可以得出地区性行政垄断对区域创新效率的影响是成倒U型的;从横向分析可以得出地区性行政垄断对区域创新效率的影响在不同的省份呈现出地区性差异,在同个经济区域中差异较为微小,不同经济区域中差异显著,有着东、中、东北、西部逐渐递减的空间分布特征。本文是在我国经济转轨时期的背景下,首先系统分析了地区性行政垄断对区域创新效率影响的传导机制,其次使用省级面板数据实证检验地区性行政垄断对区域创新效率造成的影响及区域间的差异性。以理论为依据,以实证为支撑,提出规制行政垄断提高区域创新效率的相关政策建议。一是转变政府的职能,激发区域创新主体的活力;二是打破地区性行政垄断,提高创新资源配置效率;三是深化体制改革提升区域创新能力,激发区域创新主体的活力,降低创新资源浪费,促进创新资源自由流动,产生知识、技术溢出效应提高区域创新效率。打破地区性行政垄断的体制性障碍、提高区域创新效率、引导区域经济从粗放型增长到集约型发展方式的转变是促进区域经济的可持续发展根本保证。