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为探明山东地区IBV的分子流行病学情况，本文挑取实验室1992-2005年间分离，曾经对分离鸡群造成严重损失的疑似IBV流行株，对病毒的S1、N基因进行分析比较，从分子水平上探讨山东省IBV的流行和变异规律。主要研究内容如下：
试验一鸡传染性支气管炎病毒山东流行株的鉴定对8株山东疑似IBV流行株，进行了致鸡胚矮小化试验、新城疫病毒干扰试验、动物回归试验、血凝性试验和理化性质测定，证实该8株山东分离株均为IBV，命名为：SDD、SDB、SH、IBVQ、LC2、WF、HD和GE。该8株IBV与H120阳性血清进行气管环组织培养交叉中和试验，试验表明：SH、WF、LC2与H120阳性血清交叉指数高。
试验二传染性支气管炎病毒山东分离株S1基因的遗传变异性分析参照已发表的IBVS1基因序列，设计一对特异引物，通过RT-PCR均扩增出8株IBVS1的目的条带，并对其克隆测序。将8株山东省IBV分离株与参考株的S1基因进行序列分析比较，山东株间核苷酸同源性为77.7％～997.％，氨基酸同源性在78.5％-97.7％，系统发生树分析发现山东地方流行株均属于同一群，表明8株山东IBV分离株具有较近的亲缘关系，说明山东省IBV的分离毒株有明显的地域性，时间性不明显。
试验三鸡传染性支气管炎病毒山东流行株和疫苗株N基因遗传变异分析参照已发表的IBVN基因序列，设计一对特异引物，通过RT-PCR扩增出9株IBV(SDD、SDB、SH、IBVQ、LC2、WF、HD、GE和山东分离株IBVZ)、3株疫苗株(H120、H52、Ma5)、变异株4/91、标准株M41的N基因序列，克隆测序，将以上14株IBV及参考株的N基因进行序列分析，发现8株嗜肾型山东地方流行株(SDD、SDB、SH、IBVQ、LC2、WF、HD、IBVZ)间氨基酸序列同源性为92.9％-99.3％，4株疫苗株间(H120、H52、Ma5、M41)的氨基酸序列同源性92.2-99.3％％，而8株嗜肾型山东分离株与6株参考株间的氨基酸序列同源性87％-92.2％，说明山东地方流行株间具有较近的亲缘关系，疫苗株间亲缘关系较近，N基因蛋白在进化过程中存在一定的变异，但比S1基因保守。
试验四鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异相关性的研究对9株山东流行株、4株疫苗及变异株4/91的S1基因片段和全长、N基因的片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究，利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析，结果表明：不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间，核苷酸(r≥0.892)、氨基酸(0.854≤r≤0.935)遗传变异高度相关，不同IBV毒株N基因片段与其全长之间，核苷酸(r≥0.941)、氨基酸(0.878≤r≤0.979)遗传变异高度相关。但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异呈现中度相关(r=0.645)。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3％；N≥90.7％)，而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源率均较低(S1≤84.3％；N≤87.1％)，这就解释了常规疫苗不能很好的保护野毒株的现象。