四关节盒1(FJX1)基因在结直肠癌中的表达及临床意义

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cxr1682000
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目的:1.通过使用生物信息学的方法,探讨四关节盒1(Four-Jointed Box 1,FJX1)基因在结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)中的差异表达及其与预后的关系,以及在CRC中潜在的作用机制。2.基于FJX1相关基因建立预后模型,同时构建列线图,为CRC的诊断和预后的预测提供科学依据。方法:于2021年7月16日,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载结直肠癌的转录组数据以及临床资料,分析FJX1 mRNA在结直肠癌中的差异性表达、FJX1mRNA与患者临床病理特征和预后的关系;绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估FJX1 mRNA预测结直肠癌患者生存的价值;采用Cox比例风险回归模型评估FJX1 mRNA是否为结直肠癌的独立预后因素。基因表达综合(GEO)数据库中下载结直肠癌患者总生存(OS)时间和生存状态,分析FJX1 mRNA与患者预后的关系。加州大学圣克鲁斯分校(UCSC xena)数据库中下载结直肠癌的甲基化数据,确定FJX1 mRNA各位点上的甲基化程度及FJX1 mRNA的表达水平与各位点甲基化程度的相关性。使用基因集合富集分析(GSEA)(4.1.0)分析结直肠癌中与FJX1 mRNA相关的信号通路。利用Linkedomics平台研究FJX1 mRNA的共表达基因的调控机制;筛选出2个相关基因(TIMP1、RTL8C)作为一个预后模型,计算每个患者的风险评分,探讨风险评分对CRC的预测价值;利用TIMER数据库研究FJX1 mRNA与肿瘤浸润免疫细胞的相关性;采用Spearman分析与小分子/药物敏感性分析探讨FJX1 mRNA表达水平与药物敏感性的相关性。结果:1.FJX1 mRNA在诊断CRC和预测CRC预后中有着重要的价值。TCGA数据库中612例结直肠癌的转录组数据差异分析显示,FJX1 mRNA在结直肠癌中高表达(p<0.001);549例有完整资料结直肠癌患者FJX1 mRNA表达与M分期(P=0.0072)、病理分期(IV期比I期,P=0.016;IV期比II期,P=0.03;IV期比III期,P=0.012)相关,与年龄、性别、T分期、N分期无关(均P>0.05)。TCGA数据库和GEO数据库中,按照FJX1 mRNA表达量的中位值将患者分为高表达组和低表达组,FJX1 mRNA高表达组OS均较低表达组差(均P<0.05)。利用TCGA数据库中数据绘制FJX1 mRNA表达对结直肠癌患者1、3、5年OS率的ROC曲线,曲线下面积(AUC)分别为0.595、0.625、0.764。多因素Cox回归分析结果显示年龄(HR=1.050,95%CI 1.028-1.073,p<0.001)、T分期(HR=1.787,95%CI 1.090-2.927,p=0.021)和FJX1 mRNA高表达(HR=1.160;95%CI1.049-1.282;P=0.004)是结直肠癌OS较差的独立影响因素。2.FJX1 mRNA在CRC中的潜在调控机制富集分析发现FJX1 mRNA与结直肠癌、P53信号通路、TGF-BETA信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等有关。免疫浸润分析发现FJX1 mRNA表达量与静息记忆CD4+T细胞、M0型巨噬细胞、静息树突细胞有关,且FJX1 mRNA的不同突变形式与6种白细胞的免疫浸润有关。3.CRC中FJX1 mRNA的甲基化水平结肠癌中FJX1 mRNA的表达与FJX1 mRNA的甲基化程度呈负相关(r=-0.16,P<0.001),直肠癌中FJX1 mRNA的表达与FJX1 mRNA的甲基化程度呈正相关(r=0.33,P<0.001)。4.基于FJX1 mRNA构建了对于CRC有较高预测价值的预后模型和列线图。采用共表达分析和COX回归分析构建了由TIMP1和RTL8C组成的预后模型,根据该模型计算风险评分,按照风险评分的中位值将病人分为两组,高风险评分的CRC预后较差(P=0.031)。绘制的ROC曲线表明风险评分(AUC=0.567)具有较高的敏感性和特异性,是CRC的独立危险因子(P=0.006)。利用年龄、分期、T、M、N、风险评分构建了可以预测CRC 1年、3年生存率的列线图。5.FJX1 mRNA与甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶、吉非替尼等多种化疗药物和肿瘤靶向药物的耐药显著相关。结论:1.本研究表明FJX1在CRC中高表达,且FJX1高表达的患者预后较差。高表达的FJX1与M分期、病理分期显著相关,FJX1可能是结直肠癌潜在的生物标志物。2.FJX1可能是通过调节FJX1的甲基化水平、P53信号通路、TGF-BETA信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路、肿瘤血管生成、胰岛素样生长因子系统、免疫细胞浸润等影响CRC的发生发展。3.基于FJX1相关基因构建了预后模型,从而计算的风险评分是CRC的独立风险因子,基于风险评分构建的列线图,对于CRC有较高的预测价值。4.FJX1 mRNA与甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶、吉非替尼等多种化疗药物和肿瘤靶向药物的耐药显著相关。
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