牛支原体的分离鉴定及其全基因组序列测定与分析

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本试验从患肺炎和关节炎并发症的犊牛病例中分离出一株疑似支原体菌株,利用病原分离培养、生化鉴定方法初步确定该菌株为牛支原体,通过PCR扩增牛支原体特异性oppD/F片段和PCR产物测序比对,确诊该菌株为牛支原体并命名为NM2012。为了解牛支原体NM2012的全基因组信息,对其进行了全基因组序列测定及分析,为进一步研究该菌株奠定数据基础。结果如下:该分离株在支原体固体培养基上长出光滑、白色的小菌落,显微镜下观察可见具有中心脐的“煎蛋样”菌落形态。生化试验结果表明,其不发酵葡萄糖、不水解精氨酸、不分解尿素,明胶液化为阴性。该分离株PCR扩增产物片段与预期目的片段一致,序列测定后经BLAST比对发现与牛支原体同源性为99%。该分离株全基因组序列测序结果表明其基因组大小为993,483bp, GC%含量为29.26%;预测编码区含885个ORFs,总长度为834,042bp,占基因组全长的83.95%,编码区GC%含量为29.68%;非编码区总长度为159,441bp,占基因组全长的16.05%,非编码区GC%含量为27.06%;串联重复序列79个,总长为9,203bp,占基因组全长的0.92%,小卫星序列53个,微卫星序列5个;tRNA34个,rRNA4个。对序列分析发现,其与可变表面脂蛋白相关的基因有10个,具有编码烯醇化酶、伴侣蛋白DnaK、DnaJ和GrpE的基因,34个tRNA能够编码21种氨基酸,具有4个rRNA,分别为2个5S rRNA,1个16S rRNA和1个23S rRNA.
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