艾美耳球虫（Eimeria spp.）、隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）、十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）和毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）是四种重要的肠道寄生原虫。这四种病原分布广泛,可引起宿主不同程度的胃肠道疾病,其中对奶牛的影响尤为严重,可对其生产性能产生重大影响,同时对于人兽共患病原还会传播并感染人类及其他动物。目前,这四种病原在宁夏地区奶牛中的分布研究还非常有限。为此,本研究在宁夏四个地区的10个规模化奶牛养殖场中共采集880份新鲜粪便样品,通过显微镜检查和分子生物学技术对这四种病原的感染率、虫种、基因型及亚型进行调查分析,从而研究这些病原在宁夏地区的流行情况,并评估其人兽共患病原的风险及公共卫生意义。1.基于显微镜检查对艾美耳球虫进行虫种鉴定和卵囊计数,结果发现:艾美耳球虫在宁夏奶牛中的总感染率为12.3%（108/880）,通过卵囊形态学鉴定出12种艾美耳球虫,其中牛艾美耳球虫（E.bovis）（4.8%,42/880）、邱氏艾美耳球虫（E.zuernii）（4.4%,39/880）和奥博艾美耳球虫（E.auburnensis）（2.4%,21/880）为本研究的优势虫种。统计学分析显示,艾美耳球虫在奶牛中的感染率与不同地区和年龄极显著相关（P≤0.01）,但与奶牛腹泻不相关（P＞0.05）。对艾美耳球虫阳性样本进行卵囊计数发现,其平均OPG与阳性率具有一致性,其中5～7月龄奶牛感染强度最高（1402.7）,12月龄以上奶牛感染强度最低（150.0）。2.基于 SSU rRNA（Small subunit ribosome RNA）基因和gp60（60 kDa glycoprotein）位点对隐孢子虫进行虫种鉴定和亚型区分。结果发现,隐孢子虫在宁夏奶牛中的总感染率为16.1%（142/880）,共发现微小隐孢子虫（C.parvum,n=78）、牛隐孢子虫（C.bovis,n=35）、瑞氏隐孢子虫（C.ryanae,n=16）和安氏隐孢子虫（C.andersoni,n=13）4种隐孢子虫虫种。统计学分析显示,宁夏不同地区、不同月龄以及不同临床症状与奶牛隐孢子虫感染率之间差异极显著（P≤0.01）。利用gp60基因位点对78份微小隐孢子虫阳性样本扩增,发现2个亚型,为ⅡdA15G1（n=61）和 ⅡdA20G1（n=5）。3.基于bg（β-giardin）位点对样本中十二指肠贾第虫的阳性率和基因型进行鉴定,结果发现,十二指肠贾第虫在宁夏奶牛中的感染率为16.5%（145/880）,共检测出集聚体E（assemblage E,n=143）和集聚体A（assemblage A,n=2）两种集聚体类型;在不同月龄分组中,3～4月龄犊牛的十二指肠贾第虫感染率最高,为26.5%（30/113）,8～12月龄奶牛感染率为0。统计学分析显示,十二指肠贾第虫在宁夏奶牛中的感染率与不同地区和月龄极显著相关（P≤0.01）。4.基于ITS（Internal transcribed spacer）位点对样本中毕氏肠微孢子虫进行检测和基因型鉴定。结果发现,毕氏肠微孢子虫在宁夏奶牛中的感染率为10.0%（88/880）。统计学分析显示,毕氏肠微孢子虫在宁夏奶牛中的感染率与不同地区和月龄差异极显著（P≤0.01）。本研究共检测出 5 种基因型,分别为 BEB4（n=25）、J（n=33）、I（n=25）、CHN4（n=4）和 N（n=1）,其中J、BEB4、I和N均属于Group 2,CHN4属于Group 1。上述研究结果有助于了解宁夏地区奶牛的四种肠道寄生原虫的分布特征以及其人兽共患风险,并可根据不同虫种、地区和年龄制定有效的防控和治疗措施,有助于促进宁夏地区奶牛的健康养殖。