宁夏地区鸡传染性支气管炎的分子流行病学调查及S1基因遗传进化分析

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鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是一种高度接触性、急性的传染病,病原为鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV),感染该病毒的鸡群临床表现为流涕、咳嗽、气喘等,其中蛋鸡输卵管出现严重损坏,致使产蛋质量下降,对养鸡业造成了巨大的经济损失。为了 了解宁夏地区IBV的流行情况,本试验通过建立RT-PCR及RT-qPCR检测方法,对来自宁夏地区五个地级市的1126份样品拭子开展分子流行病学调查,同时对发生过疫情的规模场的病鸡组织进行了病毒分离鉴定及S1基因分析,通过动物回归实验和毒力测定分析分离毒株的致病力。结果包含如下三个部分:1.鸡传染性支气管炎RT-PCR诊断方法的建立。使用通过IBV标准株的N基因序列设计的RT-PCR引物及RT-qPCR引物及荧光探针,建立鸡传染性支气管炎病毒的RT-PCR及RT-qPCR检测方法,对两种方法的特异性、灵敏性、重复性通过试验进行验证,并将两种方法进行分析对比。结果表明建立的RT-PCR及RT-qPCR方法特异性强,灵敏度高,稳定性良好。对RT-qPCR的重复性检测结果显示三次重复试验变异系数CV值均小于1.0%,证明该方法具有良好的稳定性。RT-PCR最低检出浓度可以达到1×10-4 ng/μL,RT-qPCR最低检出浓度可达到1×10-5ng/μL,均符合国家标准,可应用于临床检测。2.鸡传染性支气管炎流行病学调查。为了了解宁夏本地的IBV流行情况,本试验从2021年9月~2022年2月在宁夏5个地级市的15个区(县)共采集样品1126份,使用建立的RT-PCR方法检测出152份阳性样品,阳性检出率为13.50%。结果表明本病流行具有明显的季节性,春冬季节发病率较高;90日龄左右雏鸡为本病的易感动物,本地IBV的流行状况与我国主要的流行状况基本相同。混合感染检测结果显示,IBV与AIV混合感染32例,与NDV混合感染7例,三重感染有3例。3.病毒分离培养及S1基因分析。本试验通过鸡胚培养的方法成功分离出1株IBV毒株,并将其命名为NEWNXIBV。扩增该毒株S1基因并测序,利用MEGA及DNA STAR软件绘制系统进化发育树和同源性比对图,发现分离株与中国广西地区CK/CH/GD/GDBL121株亲缘关系最近,属于TC07-2型,与我国地方分离株CK/CH/GD/GDBL121株和TC07-2株序列一致性分别为98.37%和98.91%,与我国流行毒株QX株序列一致性为86.09%,与LX4株序列一致性为83.44%,与我国疫苗血清型LDT3-A型、H52型和M41型的序列一致性分别为86.09%、75.38%、和78.26%。此外,动物回归试验和毒力测定试验结果显示该分离株感染率为100%,死亡率为48%,分离株为肾型IBV。
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