随着我国产业结构转型升级步伐的加快,服务业与制造业协同发展、“双轮驱动”的产业发展格局正在形成,其所带的经济扩散效应日益凸显。同时,以城市群为地理单位的区域创新体系建设已成为国家发展重点,产业协同发展也逐渐成为进一步优化产业结构、提升区域创新能力、促进城市（群）发展动力转变的重要手段。为深入地探究生产性服务业与制造业协同集聚对区域创新能力的影响,本文立足于产业协同集聚与区域创新能力两大概念,分别从产业和空间层面阐述生产性服务业与制造业协同集聚影响区域创新能力的作用机制,运用2006-2016年珠三角城市群和长三角城市群数据进行分析,以为我国城市群区域创新体系建设给予相应地政策建议,并为其他产业发达地区提供借鉴。首先,本文以产业集聚理论、创新理论和新经济地理学为基础,从整体行业、细分行业、群内部城市发展等方面对珠三角城市群和长三角城市群的生产性服务业与制造业协同集聚、区域创新能力的发展现状进行基础性分析;其次,依据产业协同集聚概念,在产业和空间层面分别建立生产性服务业与制造业协同集聚影响区域创新能力的研究假设;最后,根据空间相关性检验结果,构建生产性服务业与制造业协同集聚影响区域创新能力的空间计量模型,结合空间杜宾回归和空间效应分解比较研究珠三角城市群和长三角城市群的内在差异。研究结果显示:（1）两大城市群生产性服务业与制造业协同集聚程度同全国相比水平较高,城市群横向对比中珠三角城市群相对偏低;（2）两大城市群区域创新能力不断增强,珠三角城市群创新发展“核心-边缘”现象突出;（3）两大城市群生产性服务业与制造业协同集聚影响区域创新能力存在显著的空间效应,空间相关性检验和空间回归系数分别在10%和1%水平上显著;（4）两大城市群生产性服务业与制造业协同集聚水平的提高有利于本地区域创新能力的增强,珠三角城市群因间接效应的负向溢出过大,使得城市群产业协同集聚对区域创新能力的带动作用较为有限。