我国《公司法》第218条规定:“外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法;有关外商投资的法律另有规定的,适用其规定。”本文以我国外商投资企业中最具有代表性的形式——中外合资有限公司为主要研究对象,探讨《公司法》在合资公司治理结构中的适用。在目前外商投资企业法和《公司法》并行的情况下,合资公司的治理结构同时适用外商投资企业法和《公司法》并优先适用外资法。然而,外资法与《公司法》在公司治理结构上的规定相去甚远,以至于《公司法》在此方面的规定几乎没有适用于中外合资有限公司的可能。而主要根据外资法确立的现行合资公司治理结构模式在实际运作过程中弊端丛生,难以满足对合资公司的治理和投资者的利益保护的需要。然而现有中外合资有限公司的治理结构仍有保留的价值,应依据《公司法》对其进行一些调整,如引进《公司法》规定的有限公司“三会分立”的公司治理结构模式。从长远来说,为了维护法律的统一性和严肃性,改善我国的投资环境,发展社会主义市场经济,《公司法》与外商投资企业法双轨并行的局面应逐渐趋于统一,包括中外合资有限公司在内的外商投资公司应由目前的两法同时适用逐步过渡到统一适用《公司法》。