利用RAPD技术对我国栉孔扇贝野生种群和养殖群体的遗传结构及其分化进行了研究。在对20个野生栉孔扇贝和20个养殖栉孔扇贝的基因组DNA的检测中，20个随机引物共扩增出153条清晰可分辨的DNA片段，片段大小在200－3000bp之间，其中野生种群和养殖群体多态性片段分别为112和108条，多态位点比例分别为73.2%和70.6%，杂合度分别为0.27和 0.26。根据基因频率计算出两个群体的近交系数为0.0283，遗传距离为0.028。栉孔扇贝野生种群的多态位点比例和杂合度处于较高水平，说明我国栉孔扇贝野生种群的遗传多样性水平较高，种质资源尚处于较好状态，应制定相应的渔业生产和管理措施加以保护。养殖群体的多态位点比例和杂合度都低于野生种群，这与人工累代养殖过程中，群体较小，近交机会增加有关。用来自韩国野生的栉孔扇贝和中国养殖的栉孔扇贝以及发病区存活的个体作为亲本，构建韩国野生×韩国野生、韩国野生×中国养殖、韩国野生×中国养殖发病区存活个体以及中国养殖×中国养殖共四个交配组合，通过对F1代个体壳宽、壳高和体重的测量比较不同群体的生长情况。同时采用RAPD技术对F1代不同群体的遗传结构进行比较，研究群体内的遗传变异与杂种优势的关系。结果发现杂交后代具有明显的生长优势，说明栉孔扇贝种内不同种群之间存在杂种优势。韩国野生种群和中国养殖群体以及发病区存活群体的遗传距离分别为0.0366和0.0507，以上四个F1代群体的平均杂合度的理论值分别为0.283、0.267、0.268、和0.266；多态位点比例分别为0.765、0.760、0.760、0.735；韩国野生群体与中国养殖种群间的Fst指数为0.0508。该结果表明栉孔扇贝不同地理种群之间存在遗传分化，其杂种优势与群体的遗传多样性相关。构建了栉孔扇贝的cDNA文库并测序得到了6935条ESTs序列，采用生物信息学的方法对ESTs进行了拼接和功能分析。使用RepeatMasker软件在ESTs中发现了42条微卫星序列，从中挑选了7个序列用于设计引物，设计的引物在中国、日本、韩国野生群体中进行多态性检测，结果证实有6对引物能产生扩增产物，其中有3对引物可望在以后的群体分析及连锁图谱的构建中加以应用。初步证实了在栉孔扇贝的ESTs序列中存在微卫星位点，从而为扇贝生物中微卫星标记的筛选找寻了新的途径。