本文应用RAPD技术对栉孔扇贝(Chlamysfarreri)×虾夷扇贝(Patinopectenyessoensis)子一代的杂种优势进行了研究。对栉孔扇贝(C)、虾夷扇贝(P)及其正交C♀×P♂，反交P♀×C♂共4个群体的RAPD扩增带谱进行了分析。从40个随机引物中筛选出16个扩增带丰富的引物进行扩增，共得到115条清晰稳定的扩增带，扩增片段大小在200～2000bp之间，其中有82个扩增位点具有多态性，多态性位点比率为71.3％。栉孔扇贝与正反交子代的相对遗传距离分别为0.0852和0.2886；虾夷扇贝与正反交子代的相对遗传距离分别为0.2327和0.0559。杂种子代与两亲本的遗传差异不是对等的，而是偏向各自的母本，系统树、Shannon多样性指数同样证明了这一点。两亲本群体内相似性指数分别为0.8392(C.farreri)和0.8451(P.yessoensis)，均大于正交子代(C♀×P♂)的群体内相似性指数0.8364，而小于反交子代(P♀×C♂)的群体内相似性指数0.8818，表明正交子代群体的遗传多样性水平升高，产生杂种优势；利用PCR技术对栉孔扇贝、虾夷扇贝及其正反交子代线粒体16SrRNA基因进行扩增，在650bp处都得到一条特异的扩增带。扩增产物经纯化后测序，得到575bp的核苷酸同源序列。比较发现，杂交子代的碱基序列与母本的序列完全一致，而与父本的序列存在歧异。研究结果表明：双亲及杂交子代的16SrRNA基因区域不存在个体的异质性现象，同时在杂交过程中父本的mtDNA也没有渗入到子代中，从而确定16SrRNA基因区域可以作为母系遗传标记。