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为了丰富新麦草种质资源的分子遗传学信息,提高新麦草种质资源的利用效率并且挖掘新麦草优良的等位基因和稀有基因,了解新麦草亲本材料的遗传特性和遗传组成成分,本研究收集了来自国内外不同地区的28份新麦草种质资源,充分考虑其异花授粉的繁殖特性,运用SSR分子标记技术从28个群体基因组和171个单株基因组两方面揭示新麦草种质资源的遗传多样性及群体遗传结构信息,并对其亲缘关系、遗传分化程度等方面进行分析。主要研究结果如下:1.筛选的16对SSR引物在群体组新麦草材料中共检测到261个等位基因,253个多态性位点,平均每个引物扩增15.81个位点;38对多态性好的SSR引物在单株组新麦草材料间检测到308个等位基因,275个多态性位点,平均每个引物获得8.11个等位基因,单株材料遗传多样性水平高于群体材料。2.大部分新麦草材料的遗传相似性系数介于0.7~0.8之间,表明新麦草群体材料及单株材料的整体亲缘关系较近,分布较集中。3.不同分类方法(UPGMA聚类、NJ聚类、PCA主成分分析)将新麦草材料划分为三大类,结果体现了类群内大部分新麦草材料分布具有一定的地域性特点,其余类群无明显地域分布特征,但主体材料较明显。4.对新麦草群体材料和单株材料进行群体遗传结构分析,当K(最佳类群数)=3时,群体材料及单株材料分别被划分成三大类群。(1)以Q值大于0.5为划分标准,类群1、2、3包含的材料分别占总体的57.14%、10.71%和28.57%,其余2份材料遗传结构较复杂划分为混合类群,群体遗传结构分析与主成分分析结果较一致。三个类群的近交系数(Fst)大小为类群3(0.4008)>类群2(0.3702)>类群1(0.2339),遗传多样性水平为类群1(0.2973)>类群3(0.2790)>类群2(0.2085),类群3的分化水平较高,类群1的遗传多样性较高。(2)以Q值大于或等于0.6为划分标准,类群1、2、3包含的材料分别占总体的52.05%、36.84%和4.09%,12份单株材料划归到混合类群中,分类结果显示遗传结构较单一的单株材料的划分结果基本一致,遗传结构复杂的单株材料划分结果有一定的差异。