N6-甲基腺苷相关LncRNA在膀胱癌微环境中的生物学功能及预后

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目的膀胱癌(bladder cancer,BLCA)是临床泌尿外科最常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤之一,N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关的非编码长链RNA(Long Non-coding RNA,Lnc RNA)与癌症有关,但是m6A相关的Lnc RNAs在膀胱癌微环境中的作用尚不清楚,课题旨在挖掘m6A相关的Lnc RNAs在膀胱癌中的潜在生物学功能以及建立预后模型,阐明m6A相关的Lnc RNAs对膀胱癌的预后和对膀胱癌微环境的影响及免疫浸润的调节。方法通过生物信息学分析,先从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选并下载膀胱癌的RNA-seq转录组数据和相应的临床数据,根据m6A相关基因类型(“writers”,“readers”,“erasers”)和对应的基因名称利用R软件中的LIMMA软件包提取m6A相关基因表达数据。共表达分析确定了Lnc RNA与m6A的关系,利用R软件获得m6A相关Lnc RNAs并与临床生存数据合并得到预后相关m6A相关Lnc RNAs,采用Consensus Clustering聚类分析对预后不同的BLCA患者进行聚类相关分析。采用ESTIMATE和CIBERSORT算法对肿瘤微环境差异分析和免疫相关分析,确定免疫细胞浸润水平及其与临床预后的关系,为了识别相关通路与功能对预后相关m6A相关Lnc RNAs进行功能注释,随后利用GSEA软件对KEGG进行基因表达富集分析来分析其主要参与的生物学通路和过程,并可视化,采用Lasso回归建立预后模型,并建立和验证一种新的m6A相关的多Lnc RNAs预后标志。将所有患者的生存数据1:1随机分为训练组(Train组)和验证组(Test组),计算两组患者的风险评分,根据风险评分的中位值将患者分为高、低风险两组,并进行生存分析、ROC曲线、独立预后分析、临床相关性分析、目的基因的遗传差异性分析和免疫相关性分析。结果共表达分析表明,LncRNAs的表达与m6A密切相关,共筛出28个预后相关m6A相关Lnc RNAs,其中上调基因5个和下调基因23个,PD-L1(基因名称:CD274)在cluster2中高表达,在肿瘤及正常组织中表达无统计学差异,通过肿瘤微环境及免疫相关性分析,在Cluster1中,幼稚B细胞、浆细胞、调节T细胞的浸润程度较高,而在cluster2中静息记忆CD4+T细胞、活化记忆CD4+T细胞、中性粒细胞的浸润程度较高,cluster2中,所有相关评分均较高,表明肿瘤微环境中肿瘤细胞纯度较低,免疫相关细胞密度较高,GSEA富集分析显示“Cytokine-cytokine receptor interaction信号通路”最为丰富。对预后相关的m6A相关Lnc RNAs基因进行lasso回归分析以最终确定由PTOV1-AS2、AC005306.1、AC116914.2、BDNF-AS、AC025280.1、AC012568.1、AL136295.2、AL138921.1、AC005479.1和AC104564.31等10个基因构建预测模型,预测患者的风险信号与其预后显著相关,预测模型风险值的ROC曲线下面积为0.723。为了验证风险信号对膀胱癌预后作用的有效性进行TCGA数据集内部验证,验证组(Test组)风险值的AUC为0.653,验证了模型有效性及对膀胱癌的预测价值,临床分组模型验证再次验证模型的实效性,单因素和多因素Cox回归分析证实预后相关m6A相关Lnc RNAs模型风险评分是一个独立的预后预测因子,临床相关性分析表明风险评分与免疫打分、聚类分型、stage分级、grade分级、T分期、N分期之间具有显著相关性,目的基因的遗传差异性分析显示风险评分高低与PDL1具有明显的相关性,高危组中的表达水平明显高于低危组,免疫相关性分析表明m6A相关Lnc RNAs可能作为膀胱癌患者肿瘤微环境及免疫细胞浸润的调节因子。结论基于生物信息学方法,通过对TCGA数据库的BLCA分析获得PTOV1-AS2、AC005306.1、AC116914.2、BDNF-AS、AC025280.1、AC012568.1、AL136295.2、AL138921.1、AC005479.1和AC104564.31基因组成的最佳预测模型,基于m6A相关Lnc RNAs的风险评分可作为独立的预后因素预测BLCA患者的预后,m6A相关Lnc RNAs可能作为免疫细胞浸润的调节因子,并参与膀胱癌免疫微环境调控,新的预后标志可为膀胱癌的发生发展及治疗提供新见解。
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