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在肿瘤的发生和发展中存在着DNA甲基化水平和模式的紊乱，DNA甲基化异常可通过影响染色质结构以及癌基因和抑癌基因的表达而参与肿瘤的形成。DNA甲基化检测已应用在肿瘤的早期诊断，肿瘤分型，预后分析，抗癌药物筛选等方面。但目前现有的甲基化检测方法在检测的位点、检测的基因以及检测的样本上存在着通量不高的缺点。为此，我们发展了几种新的甲基化检测芯片，并成功应用于结直肠癌相关基因的甲基化模式、甲基化密度、预后分析以及多基因甲基化检测等方面。
1．结直肠癌手术切缘甲基化模式分析手术切缘阳性被认为是肿瘤局部复发的主要原因。但是即使在手术切缘阴性的病人中，仍存在较高的复发率。所以有必要发展比传统的组织病理学检查更为敏感的分子技术。methylation-specific PCR(MSP)是一种非常敏感的检测DNA甲基化的分子技术。它已成功地运用于肺癌，头颈癌、肝癌等的手术切缘的甲基化模式的研究。但此种方法只能检测位于引物区的几个CG位点，获得的信息量太少。所以我们发展了一种新的分析甲基化模式的寡核苷酸芯片。通过固定甲基化特异的探针，与Cy3标记的不同比例的hMLH1基因全甲基化与非甲基化标准品进行杂交，构建了定量的标准曲线。通过分析20例结直肠癌样本，我们发现在正常样本中，hMLH1没有或很少有甲基化，在肿瘤组织样本中hMLH1存在比较高的甲基化(25％-58％)，而在手术切缘阴性组织中hMLH1存在中等程度的甲基化(8-42％)。这种甲基化升高的现象和肿瘤的发生和发展是一个逐步演进的过程相一致。另外手术阴性组织存在甲基化且存在着甲基化模式，这说明细胞的先驱损害和残留的肿瘤细胞存在于手术切缘阴性组织，而常规的病理学检查发现不了。本实验研究结果表明，通过敏感的高通量的甲基化分析技术，可以在手术切缘阴性组织中检测出甲基化的模式，可以为肿瘤的诊断和预后分析提供参考与依据。
2．MGMT基因在结直肠癌手术切缘组织中表达与甲基化及其与预后的关系目前，分析肿瘤预后情况，主要集中在肿瘤原癌组织，很少有用手术切缘组织。运用芯片技术，更是未有报道。本研究运用寡核苷酸芯片分析手术切缘阴性组织MGMT甲基化状况，运用免疫组化分析了MGMT蛋白表达的水平。结合其它临床因子，分析了MGMT基因甲基化与表达对预后的影响。结果表明，甲基化程度与肿瘤大小、肿瘤部位、年龄、性别以及p53表达没有相关性，而甲基化程度与TNM分期以及MGMT在手术切缘阴性组织中表达与否存在相关性。在手术切缘阴性组织中，MGMT表达