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太行菊属（Opisthopappus Shih）为多年生宿根草本植物,我国特有属,耐旱、耐荫、耐寒,花洁白或粉红,是菊科花卉育种的重要种质资源,具有重要的生态、经济价值。属下仅有2种:太行菊（Opisthopappus taihangensis（Ling）Shih）和长裂太行菊（Opisthopappus longilobus Shih）。该属主要分布于太行山脉地区,分布区较为狭窄,生存环境独特,繁殖能力较弱,加之人为采摘严重,现已处于濒危状态,被列为国家第二批珍稀濒危保护植物。本文基于转录组数据,开发出8个SNP和10个InDel标记,分析太行菊属24个种群的群体遗传变异、谱系结构、进化历史及分布格局的成原。主要研究结果如下:1基于SNP序列的分析太行菊属种群具有较高的遗传多样性,（HT=0.989,VT=0.011,VS=0.259）,长裂太行菊的各遗传参数都比太行菊种群高,且遗传变异主要存在于种群间。8个SNP联合片段数据共检测到51个变异位点,鉴定出75个单倍型,长裂太行菊包含47个单倍型,太行菊包含28个单倍型,两物种间没有共享单倍型。单倍型Network谱系关系分析表明,太行菊种群中,单倍型H50分布广泛,频率较高,推测为其祖先单倍型;长裂太行菊的单倍型较丰富,无法推测其祖先单倍型。单倍型系统发育树结果显示,太行菊和长裂太行菊的单倍型分化时间大约出现在13.2 Ma之前,种下单倍型分化时间约为8-9 Ma之前。太行菊属在进化过程中没有经历过扩张,但太行菊与长裂太行菊均表现出经历过扩张（P>0.05）。联合数据揭示太行菊属植物个体的系统发育显示,太行菊与长裂太行菊被完全分为两支,而基于单个片段SNP聚类显示,长裂太行菊GJT与太行菊聚为一类,太行菊GS混杂于长裂太行菊种群中,可能两个物种间发生了基因交流或渗透。BLAST发现这些片段与抗胁迫蛋白相关。2基于InDel标记的分析太行菊属具有较高的遗传多样性,多态性位点比率（PPL）为93.85%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.2460,Shannon多态性信息指数（I）为0.3372,且长裂太行菊的各遗传信息参数均大于太行菊。AMOVA分析表明太行菊属种群分化系数ΦST为0.6973,遗传分化主要存在于种群间,且太行菊种群间遗传分化大于长裂太行菊。24个太行菊属种群可分为2大支,长裂太行菊种群一支,太行菊种群一支。3气象因子影响分析19个气象因子主成分分析表明,年平均气温、最热季节平均温度、多年平均降水量、最湿月降水量和海拔五个因子在太行菊属的生长与分布中起主要作用。核苷酸多态性（π）与海拔和最干月降水量呈显著的负相关。Na与海拔、平均日较差/温度年较差呈负相关,与最湿月降水量和最湿季节降水量呈正相关。Ne和H与海拔呈负相关,与最湿月降水量正相关。PPL与海拔、最冷月最低温度呈负相关,与最湿月降水量和最湿季节降水量则呈现正相关。综上所述,太行菊属遗传多样性较高,长裂太行菊的遗传多样性高于太行菊种群,且遗传分化主要存在于种群间,有着显著的谱系地理学结构。第三纪青藏高原快速隆升导致的东亚季风气候增强及第四纪全球气候变冷改变着太行菊属植物的生存环境条件,太行山脉隆升形成的沟壑峡谷和河流、不同种群环境的异质性加剧了太行菊属的分化。进化过程中,太行菊和长裂太行菊都经历了一定的种群扩张,太行山脉隆升之前,太行山区古植被发生着从草原到森林的循环变化,使得两种扩张成为可能。