基于阻断剂引发的超支化滚环扩增法富集和检测DNA稀有突变

来源 :华东师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xieyuanming
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基因突变是癌症诊断和监视的重要生物标志物,灵敏地识别单核苷酸变异有助于实现精准医疗。现有的检测方法包括测序、探针杂交、基于引物延伸的扩增反应、基于酶特异性识别的酶切技术及连接反应等,存在着诸多不足,如需要热循环、昂贵的仪器、精确的温度控制、专业的技术人员、灵敏度和特异性不足等等。针对上述问题,本论文以阻断剂置换放大扩增系统(BDA)和超支化滚环扩增(HRCA)技术为基础,创新性地提出了一种新的灵敏、简便、廉价和高特异性的单核苷酸变异等温扩增和检测方法,主要研究内容如下:首先提出检测原理并实验验证该方法的可行性,针对引物2和dNTP浓度进行条件优化,并通过实验测定了该方法检测DNA单碱基变异的性能。结果表明,在突变型和野生型基因中加入同野生型完全匹配的阻断剂后,锁式探针3’端可以与阻断剂进行合理的竞争杂交,从而导致大量的锁式探针与突变型靶标杂交并延伸,以“间隙—填充”形式连接成环,而只有少量的野生型对应的锁式探针可以成环;然后在引物1的作用下扩增出一条长的ssDNA产物,引物2与阻断剂在这条长链上继续竞争杂交,最终实现选择性等温扩增突变型靶标,可以检测到等位基因频率为0.1%的已知或未知单核苷酸变异。该方法从原理上克服了常规热力学检测单碱基差异核酸时的温度敏感性,解决了PCR需要热循环和专业技术人员、昂贵的缺点,为低丰度未知或已知单碱基变异的检测提供了新的方向。其次实验证明该方法可以应用于集群癌症突变的扩增,并且能够检测到细胞中提取的基因组DNA中的0.1%的KRAS单碱基变异,实验结果通过桑格测序得到完美验证。对促进体外诊断和精确临床治疗的发展具有重要意义,为资源匮乏地区的护理点诊断提供了新的依据。最后提出原位检测细胞KRAS突变表达的mRNA原理及方法,设计了dsDNA的直接检测,并初步取得mRNA原位成像效果,为细胞原为检测提供了新思路。由于局部环境不同、细胞异质性和迁移,该方法提供单分子水平的灵敏度以及超高特异性,预计将促进利用mRNA突变作为生物标志物进行诊断的相关生物医学研究的发展。
其他文献
高压电缆是保障电力系统输电和数据通信的重要设备,其正常运行对社会经济发展有重要作用。陆地电缆在蛇形敷设、排管敷设和弯曲敷设三种典型敷设下,若其长时间工作在最大载流
伴随卫星应用和新时代信息技术的长足发展,卫星数量与信息处理能力都在不断提升。同时不同用户所提交需求多种多样,如待观测的点目标、需覆盖的区域目标,待搜索动目标等,有必
Allen-Cahn方程作为二元合金反相畴粗化的模型,它在许多领域都有着广泛的应用。本文主要研究Rubinstein和Stenbeg提出的描述二元混合物中相分离现象的非局域Allen-Cahn方程的初边值问题。本文主要应用离散变分导数法(DVDM),首先在连续情形下,定义一个局部能量函数并求得变分导数,再用变分导数改写原方程,从而得到原方程的耗散性质;然后在离散情形下,基于原方程的变分结构,并结合
在我国,普通混凝土(RC)梁桥早期得到普遍应用,其中包含数量巨大的客货共线铁路旧桥;早期客货共线铁路运速慢、运力低,列车对桥梁体现为低应力幅交变作用,随着铁路六次大提速完成和高铁迅速发展所致运力释放,铁路旧桥所受应力幅值持续增大且呈梯级变幅之势。基于上述现状和调查研究表明:客货共线铁路旧桥实际承受的是梯级变幅疲劳荷载,长时间服役使得桥体自身疲劳损伤累积问题不容忽视。本文以客货共线铁路旧桥为背景,采
目前医学留学生的汉语教学正处于探索阶段,主要问题是缺乏有针对性的教学计划和教学大纲,针对医科留学生的汉语教材极其紧缺,而医学汉语教材的编写也较为困难。教材是教师教学和学生学习所依据的材料,医学汉语教材作为专业汉语教材,既要遵循通用汉语教材的编写规律,又要注重语言知识和专业知识的过渡与衔接。《实用医学汉语》系列教材是由武汉大学牵头、由全国近二十所高校身处医学汉语教学第一线的教师合作编写而完成的。这是
股指追踪是指数基金管理中一项重要的投资策略,如何选择更少的成份股以获得较好的跟踪效果是研究指数追踪的焦点。虽然基于均值回归的正则化模型在指数追踪中已取得较好的拟合效果,但均值回归对响应变量的分布要求较高,而大多数股票收益率序列分布往往表现出尖峰厚尾、非对称和显著异方差等特点,传统的均值回归不能很好刻画这些特征。条件分位数回归不仅可以从不同分位数水平上刻画响应变量的分布特征,而且对误差的分布不做任何
紫外光交联法作为新兴起的XLPE绝缘电力电缆制造工艺,通常采用高强度紫外光源对熔融透明态的聚乙烯材料进行辐照并使其交联。与传统的过氧化物交联法相比,具有交联速度快、节
二氧化碳作为主要的温室气体,如何将其转化为具有经济价值的化合物是科学工作者们一直以来的研究热点。由二氧化碳和环氧烷烃交替共聚制备可生物降解性的脂肪族聚碳酸酯是一
四参数Logistic项目反应模型(Four Parameter Logistic Model,4PLM)参数估计的高效性、精确性是众多统计学者研究的课题。4PLM是在3PLM的基础上增加了一条小于1的上渐近线,意义在于对于能力比较高的被试也有可能以一定概率答错,也就是可能漏掉一些题目,使答对概率小于1,即需要引入失误度参数。由于4PLM是非凸函数,经典的估计算法无法得到全局最优解,所以本文使用O
道路资源作为最基础的公共服务资源,为人民提供的服务必然要体现公平,然而过去城市的发展以追求效率为终极目标,以“车本位”为导向的交通快速发展的同时也带来许多城市问题