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福瑞鲤是以建鲤和黄河鲤为原始亲本，经1代群体选育和连续4代BLUP家系选育而获得的水产养殖新品种，它具有生长快、体型好、饲料转化率高、适应能力强和遗传性状稳定等特点，适合池塘、网箱等多种养殖方式，是中华人民共和国农业部“十二五”主推的大宗淡水养殖鱼类新品种。本文针对福瑞鲤选育过程中各主要阶段的特点运用分子生物学和数量遗传学方法进行研究。 首先，运用TRAP分子标记技术研究了福瑞鲤选育的候选群体的遗传多样性。从32个引物组合中筛选出10个引物组合对5个鲤群体的DNA进行扩增，平均多态位点比例为80.41％，平均多态性信息含量为0.29。5个群体在目标基因GHR基因上，遗传相似度最大的为兴国红鲤和建鲤，最小的是兴国红鲤和荷包红鲤，而黄河鲤在遗传上与黑龙江野鲤最近。对建鲤与黄河鲤的2×2完全双列杂交效果进行了统计分析，黄河鲤和建鲤的杂交后代在体质量、体长、体高和体厚这4个生长性状上均有显著提高，其中建黄的超父本杂种优势最高。建黄正反交的特殊配合力达到了显著水平，一般配合力则建鲤最好。挑选了25对微卫星引物对建鲤与黄河鲤的2×2完全双列杂交群体的遗传多样性进行了分析，期望观测杂合度在0.47～0.55，多态信息含量在0.42～0.49之间，黄河鲤和黄建杂交群体间的遗传相似性系数最大。Koi42和HLJ13两个座位分型之间检测到了显著性差异。在采用家系选育与数量遗传学分析相结合的综合选育方法时，个体标记和麻醉作为配套技术，对育种效率显得尤为重要。本文统计了3代选育过程中的个体标记情况，PIT标记时鲤的死亡率平均为0.92％，标记脱落率平均为1.01％，有效标记率为98.07％;收获时检出的标记保留率为99.14％。PIT标记的总有效率达97.23％。分析了丁香油对鲤的麻醉效果，随着丁香油与水的体积比增加，鲤的麻醉时间缩短，而苏醒时间延长;随着水温升高，鲤的麻醉作用时间缩短，苏醒时间也延长。 其次，对福瑞鲤的选育过程和选育效果进行了监测。通过wombat对体质量、体长、体高、体厚4个指标进行了遗传参数评估，4个性状选择、性别和世代固定效应估计值，基本上达到了差异显著的水平，它们的遗传力分别是0.5，0.46，0.02和0.12;体质量与体长、体厚、体高的遗传相关都比较高，与体高的达到0.99。福瑞鲤从第5代到第4代的遗传进展体质量提高14.1％，而相对于第3代的对照系，体质量提高27.2％。连续2年在4个不同地区进行的生产性养殖对比表明，福瑞鲤经过5代的选育，生长速度比对照系有显著的提高（20％以上），福瑞鲤生长性状稳定，不存在基因型与环境互作。运用TRAP标记技术对福瑞鲤的原始亲本之间的亲缘关系进行了分析，筛选出28个引物组合的扩增结果表明，平均多态位点比例为71.43％，平均多态性信息含量为0.27;福瑞鲤、建鲤和黄河鲤的平均杂合度依次为0.2496、0.2206和0.2245;遗传多样性指数依次为0.2389、0.2099和0.2060，表明福瑞鲤的遗传多样性比其亲本高，说明其选育潜力仍较大;在遗传相似度上，福瑞鲤与建鲤更接近;研究发现TRAP引物组合为Me7+Em1时，福瑞鲤在200bp左右有一条明显的特异带;引物组合为Me18+Em2时，黄河鲤在220bp左右有一条明显的特异带，这可能是潜在的品种特异标记。用TRAP分子标记对8个福瑞鲤家系共240份样品进行了分析，得出各家系间遗传分化程度较低，分化主要来源于家系内个体间的遗传差异。引物组合为FGFR1 a1+Sa12时，在26＃家系中出现一条分子量约为700bp特异性的带。同时筛选到一个性状相关的TRAP标记，4r+Trap04-308与体质量、体长呈极显著相关。通过直接测序法，检测了不同世代福瑞鲤IGF2R第一内含子的DNA片段的多态性，共获得8个SNP位点，不同世代观察杂合度、期望杂合度、Nei氏期望杂合度和平均杂合度存在差异，世代一与世代三遗传距离最小，相似度最高，其次是世代二和世代三的遗传距离，最后才是世代一和世代二的遗传距离。Loc130基因型G/G在不同世代中均高于G/T基因型。 最后，对福瑞鲤的长期选育潜力及进一步选育开展研究，进行了建鲤、黄河鲤、黑龙江野鲤3×3完全双列杂交的生长分析。在全面跟踪建鲤、黄河鲤、黑龙江野鲤双列杂交后代生长速度的时候，发现有的家系存在补偿生长的现象。本文基于这个特点，建立了基于遗传的补偿生长检测方法，所有组合小于负一区间的数值占绝大多数。把标记时任意两个组合差异显著、而收获时差异不显著的称为拥有YN效应的组合对。9个组合共有72个组合对，具有YN效应的14个组合对，比例为19.4％。 Yj组合表现出的补偿程度最高，Yy组合不存在补偿生长。在0.1水平时，具有补偿效应的群体标记体长高于没有补偿效应的群体，收获时达到了显著水平;在0.25和0.3水平上，具补偿效应的群体的体增长显著高于没有补偿效应的群体。对于体高和体厚来说这种效应更为明显。 本文的研究结果揭示了运用数量遗传学分析和家系选育相结合的综合选育方法进行鲤新品种的培育不仅能获得较大的遗传进展，具有较高的改良效率，并能控制近亲交配，确保选育群体有足够的遗传多样性，从而实现长期选育。