近年来,国外引进鸭品种对我国鸭产业和市场发展具有垄断趋势,对本土品种冲击较大,保护和开发利用我国本土鸭品种资源意义重大。本研究以我国本土的代表性蛋鸭品种绍兴鸭和代表性肉鸭品种北京鸭为对象,比较了两品种的生长性状的差异和不同性状间的相关性,探索了两品种生长差异的分子基础和肠道微生物基础,旨在挖掘绍兴鸭和北京鸭的种质资源差异,筛选生长性状分子标记,为今后绍兴鸭和北京鸭种质资源的充分利用和新品种的培育提供基础数据支撑。试验主要包括三个部分。第一部分,开展饲养实验和屠宰实验,比较绍兴鸭和北京鸭生长速度、体尺、屠宰、肉质等生长性状的差异,并通过体尺与屠宰性状的相关性分析,找出与屠宰性状存在显著相关的体尺性状指标。第二部分,利用分子标记技术检测绍兴鸭和北京鸭生长性状相关基因的SNPs位点,通过与生长性状的关联分析,筛选与生长性状差异密切相关的潜在SNPs位点,以期在SNPs水平上探索两品种生长差异的遗传基础。第三部分,通过制作肠道组织切片,观察比较小肠组织形态的差异,并利用高通量测序,比较绍兴鸭和北京鸭的肠道微生物多样性和结构及功能的差异,寻找两品种生长差异的肠道微生物基础。本试验第一部分结果:（1）北京鸭的初生重、上市日龄体重和平均日增重均极显著高于绍兴鸭（P＜0.01）;北京鸭个体和绍兴鸭个体生长速度曲线分离明显,北京鸭生长速度曲线普遍高于绍兴鸭,且曲线斜率更大。北京鸭各项体尺指标均极显著高于绍兴鸭（P＜0.01）。北京鸭的腿肌率显著高于绍兴鸭（P＜0.05）,北京鸭其余各项屠宰指标极显著高于绍兴鸭（P＜0.01）。（2）绍兴鸭8个体尺指标之间均存在显著相关性,其中胫围和胸深表现为显著负相关（P＜0.05）,其余指标之间均表现为极显著正相关;绍兴鸭6个屠宰指标中,腿肌率与其余5个指标均呈现极显著性负相关（P＜0.01）,其余5个指标之间存在8对显著性相关关系。北京鸭8个体尺指标中,胫围与其他7个指标均无显著相关性（P＞0.05）,胫长与体斜长和半潜水长存在极显著正相关（P＜0.01）,其余6个指标之间存在14对显著性相关关系。（3）北京鸭胸肌水分含量和肌内脂肪含量极显著高于绍兴鸭（P＜0.01）,绍兴鸭胸肌剪切力和肌苷酸含量极显著高于北京鸭（P＜0.01）;在检测的17种氨基酸中,有10种氨基酸在两品种胸肌的差异达到了极显著水平（P＜0.01）,有1种达到了显著水平（P＜0.05）,有6种氨基酸未呈现出显著性差异（P＞0.05）;在检测的27种脂肪酸中,有21种脂肪酸在两品种胸肌的差异达到了极显著水平（P＜0.01）,有3种达到了显著水平（P＜0.05）,还有3种差异不显著（P＞0.05）。本试验第二部分结果:（1）在绍兴鸭和北京鸭GHR基因外显子8上分别发现了8个和14个突变位点,绍兴鸭群体中的A435G、T627C呈现中度多态性（0.25＜PIC＜0.5）,北京鸭群体中所有突变位点均呈现低度多态性（PIC＜0.25）;（2）在A435G位点处,等位基因为A的个体半潜水长和胫围、肌肉中胱氨酸和二十四碳一烯酸含量显著大于等位基因为G的个体（P＜0.05）;（3）在T627C位点处,等位基因为T的个体1周龄体重、2周龄体重显著高于等位基因为C的个体（P＜0.05）,等位基因为C的个体胸肌中亚麻酸含量显著高于等位基因为T的个体（P＜0.05）。本试验第三部分结果:（1）绍兴鸭肠道微生物丰富度和多样性高于北京鸭,而北京鸭各肠段菌群覆盖度均高于绍兴鸭;（2）绍兴鸭和北京鸭小肠微生物结构存在一定相似性,盲肠菌群组成和结构存在显著差异（P＜0.05）;（3）绍兴鸭和北京鸭十二指肠、空肠、回肠、盲肠分别有21、22、24和12种菌群呈现显著差异（P＜0.05）,且绍兴鸭各组相对丰度均高于北京鸭;（4）绍兴鸭和北京鸭十二指肠、空肠、回肠、盲肠分别有2、2、8、10条肠道微生物代谢通路存在显著差异（P＜0.05）。本文结论:（1）北京鸭生长速度较绍兴鸭快,体尺和屠宰性状均优于绍兴鸭;（2）两品种鸭各项体尺指标之间和各项屠宰指标之间大多存在显著或极显著水平的相关关系,而体尺和屠宰指标之间则呈现不同规律的相关性,半潜水长、龙骨长、胸深和胸宽可作为预测屠宰性状的优选体尺指标;（3）本试验条件下绍兴鸭群体遗传多样性较北京鸭更为丰富,GHR基因外显子8的A435G、T627C位点与绍兴鸭不同生产性状存在一定的显著相关性;（4）绍兴鸭小肠和盲肠的微生物丰富度和多样性高于北京鸭,两品种肠道微生物组成差异显著,且不同肠道部位微生物组成呈现出不同规律的差异性;（5）绍兴鸭和北京鸭小肠不同部位的组织形态存在不同的差异性。