目的:通过分析2011-2016年闽侯县医院参合农民住院医疗费用变化、平均住院日的变化、医务人员满意度的变化和医院效率的改变,探究支付方式改革对公立医院运行产生的影响,剖析支付方式改革对公立医院运行产生影响的机制,为加快县级公立医院改革提供相应的对策建议。方法:根据福建省卫计委2011-2016年新农合监测数据库,分析支付方式改革病种覆盖情况和支付方式改革后对医疗费用及其构成的影响;通过问卷调查,分析支付方式改革后医务人员满意度的变化;采用数据包络分析方法,分析县级公立医院在支付方式改革前后运行效率的变化,探讨支付方式改革对医院运行效率的影响。结果:(1)支付方式改革所覆盖的病种(组)数量从12种增加到25种;病例的覆盖率从2013年的33%增加到2016年的67%;(2)支付方式改革医院住院次均费用的增长率低于未改革医院,改革所覆盖的病种费用增长率低于未覆盖的病种;费用的构成也更加合理;(3)支付方式改革后平均住院日下降;(4)2015较2013年比,医务人员的满意度有所提高,主要在工作环境、收入和激励机制等方面,但对工作风险的满意度未改变;(4)医院的效率有一定的提高。结论:支付方式改革能在一定程度上促进公立医院的改革,但效果的体现是需要有其他方面综合改革的支持。建议加快医保管理体制的整合,扩大支付方式改革的覆盖面,推动医院内部运行机制的改革。