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为了解我国南海区域马氏珠母贝群体的遗传结构及遗传多样性,也为良种培育提供科学指导,本文利用AFLP及SSR技术对南海区域马氏珠母贝(三个养殖群体DY、H和M,分别取自惠阳大亚湾、广西合浦和徐闻迈陈;三个野生群体DZ、BZ、SZ,取自惠阳大亚湾,广西北海,海南三亚)进行了遗传多样性分析。1.10对AFLP选择性扩增引物共扩增出不同大小的谱带364条,DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的多态位点比例分别是86.21%、64.67%、82.12%、83.02%、64.73%、63.30%;DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的平均遗传距离依次为0.2967、0.2519、0.2478、0.2047、0.1913、0.1856;六群体间的遗传距离与聚类分析显示野生群体与养殖群体有一定的基因交流,提醒我们更应加强野生马氏珠母贝种质资源的保护。马氏珠母贝六群体之间遗传距离的变异范围在0.2327~0.4278之间,H、DY、M三养殖群体之间遗传距离的变异范围在0.3001~0.3017之间;DZ、BZ、SZ三野生群体之间遗传距离的变异范围在0.3017~0.3801之间。H养殖群体与DZ野生群体间遗传距离最大,DZ群体和BZ群体间遗传距离次之,M群体和DY群体的遗传距离最小,说明养殖群体之间的遗传距离较野生群体之间的遗传距离低,因此为保护养殖群体可从野生种群中引进亲贝。2.10对SSR引物扩增结果显示:DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的平均遗传距离依次为0.1985、0.1969、0.1852、0.1726、0.1543、0.1321;马氏珠母贝六群体之间的遗传距离在0.3009~0.4704之间,H、DY、M三养殖群体之间的遗传距离在0.3009~0.4148之间;DZ、BZ、SZ三野生群体之间的遗传距离在0.3214~0.4148之间。H养殖群体与DZ野生群体间遗传距离最大,M群体和DY群体的遗传距离最小,6个群体仍保持相对较高的遗传多样性。研究结果表明与三野生群体相比,三养殖群体的遗传距离较大;种群间的遗传距离比种群内的遗传距离大。3.各个群体均出现特异性位点缺失现象,将多个特异性位点相结合,可以更有效的对不同地理群体进行鉴定和用于种质资源的恢复。在试验结果表明:各群体仍保持较高的杂合度,种质资源处于相对较好的状态。