黄瓜作为世界十大重要的蔬菜作物之一,也是遗传研究的一个模式植物,但因其遗传基础狭窄,品种间的遗传多态性远远低于同属的甜瓜,为其遗传图谱构建、基因定位和育种亲本的选配提供了难题。所以寻求与利用多态性丰富的种质资源,开辟新的基因源对黄瓜遗传育种及生产有着十分重要的意义。以分子标记技术为主要方法,对黄瓜种质资源的遗传亲缘关系进行了分析,在育种上,有利于鉴定有价值的优良亲本的亲缘关系,为现阶段黄瓜育种实践中减少杂交组合数目及提高育种效率提供依据,并对分子标记方法和形态学方法的聚类分析结果进行了比较,为以后分析种质遗传亲缘关系提供了参考价值。本文利用18个SSR标记和3个SCAR共显性标记,分析了177份不同生态类型的黄瓜种质资源,旨在阐明其遗传多样性和亲缘关系,为遗传和育种的利用提供理论依据。结果表明,在所有种质中共得到等位基因51个,平均每个位点为2.42个。177份种质资源的相似系数变化范围0.24-1。聚类分析的结果将资源划分为五大类,大部分旱黄瓜被划分在第一类中,多数的华南类型和加工型黄瓜被划分在第二类中,Concombre vert long和西双版纳本地山黄瓜被单独划为第三类;另外,一个收集于韩国和两个收集于美国的种质,分别为韩3, Burpless Hybrid,Muncher为第四类,大部分华北类型种质为第五类。在育种上,有利于鉴定有价值的优良亲本的亲缘关系,为现阶段黄瓜育种实践中减少杂交组合选配盲目性,提高品种质量及育种效率提供了依据。此外,又对162份黄瓜种质资源的23个形态学性状进行了调查。包括成株叶形,成株习性,主蔓叶数,成株叶纵径,成株叶横径等等。根据形态学性状的调查,对这162份黄瓜材料进行了聚类分析。最后,162份种质资源的形态学聚类结果与162份的分子标记聚类结果,进行了比较,得出分子标记的聚类分析结果有一定的参考价值。根据形态学的调查结果和通过分子标记聚类的结果有一定的相似性。