行政协议自身的行政性与合同性使其在面对纠纷适用法律时产生了诸多争议,这其中就包括行政协议撤销的法律适用问题。我国当前并未有关于行政协议的专门立法,在司法实践中,法院审理行政协议撤销案件时通常适用《行政诉讼法》之中关于单方行政行为撤销的依据以及《合同法》中关于民事合同的撤销依据。当前,争议的主要焦点在于能否运用《行政诉讼法》中撤销单方行政行为的第七十条六款情形撤销行政协议。本文从行政协议的性质入手,通过对比行政协议与单方行政行为的区别进行展开。首先,明确理论,以理论指导实践的方式去发现问题和解决问题。理论分析主要集中在对行政协议根本性质以及行政协议与行政行为的根本差别来进行。然后,立足实践,结合典型司法案例,逐条分析,文章主要分析司法实践中行政协议撤销适用《行政诉讼法》的问题。接着,对域外的相关立法以及司法实践进行分析和对比,从中借鉴经验与教训。就行政协议的根本性质而言,行政协议在本质上是当事人双方意思表示达成一致的结果,落脚点在行政协议的合同性上。就行政协议与单方行政行为的区别来讲,行政协议与单方行政行为最大的区别在于前者是双方行为,达成的基本条件是要具备双方的意思表示;行政行为是单方行为,具备行政主体单方意思表示即可产生的单方行政行为。因此,撤销单方行政行为的法律依据不能适用于行政协议的撤销,行政协议只能依据双方意思表示瑕疵来撤销。最后,依据前文理论分析的结果,在分析当前行政协议撤销的司法实践以及立法基础上,借鉴域外立法和司法实践经验,以意思表示瑕疵作为行政协议的依据,完善行政协议撤销制度,明确行政协议撤销权的配置,为行政协议撤销提供明确的法律适用规范。