拟杆菌科（Bacteroidaceae）主要由拟杆菌属（Bacteroides）和Phocaeicola属组成,是广泛存在于人与动物肠道中的一类共生菌,对宿主健康的维持具有重要的作用。诸多研究表明,相关微生物与宿主肠道菌群、肠道免疫以及肠道屏障功能等存在着密切的互作,因此被认为具备下一代益生菌的潜质。目前拟杆菌科已被分离鉴定的物种有52个,尽管大部分物种在2010年前已被鉴定,但近五年依然陆续有6个物种被发现。本课题组在中国人群肠道拟杆菌的分离培养过程中筛选得到一株Phocaeicola属的菌株FXJYN30E22,通过16S r RNA测序发现,该菌株与微生物数据库中菌株的16S r RNA序列相似度最高仅为95.37%,远低于16S r RNA的物种划分界限值（98.7%）,这表明该菌株可能是一个潜在新种。为了该菌株后续的研究与应用,我们利用多相分类法对其分类学地位进行了系统的鉴定,并进一步分析其在肠道免疫调节中的作用。首先利用比较基因组学分析方法对潜在新种菌株FXJYN30E22与Phocaeicola种11个模式株的基因组进行了比对,主要包括G+C含量、数字化DNA-DNA杂交（Digital DNA-DNA hybribization,d DDH）、平均核苷酸一致性（Average nucleotide identity,ANI）、COG功能基因以及碳水化合物活性酶基因差异分析。结果显示,FXJYN30E22与上述模式株的d DDH和ANI比对结果最高分别为41.9%和91.1%,远低于物种分类界限值（d DDH:70%,ANI:95-96%）,这为该菌株作为Phocaeicola属新种的地位提供了证据。进一步利用宏基因组分析法对不同地区、不同膳食结构健康人群肠道中FXJYN30E22菌株的分布情况进行了分析,发现该菌株在中国人群肠道中的丰度显著高于欧洲人群,这暗示了该菌株在人群中的分布存在宿主差异。在基因组比对的基础上进一步结合系统发育学、形态学特性、生理生化特性和化学特性分析法确定FXJYN30E22的分类学地位。首先基于16S r RNA序列和直系同源基因构建了系统发育树,确定了Phocaeicola massiliensis（P.massiliensis）JCM 13223与潜在新种菌株FXJYN30E22具有最接近的亲缘关系。接着分析上述两株菌的生理生化以及化学特性发现,在利用水解明胶、组氨酸芳胺酶、酪氨酸芳胺酶和甘氨酸芳胺酶活性以及全细胞主要脂肪酸组成等表型特性上,FXJYN30E22与P.massiliensis JCM 13223存在差异。基于上述结果,确定并提出FXJYN30E22是Phocaeicola属的一个新种。利用葡聚糖硫酸钠（Dextran sulfate sodium,DSS）构建小鼠溃疡性结肠炎模型,进一步分析了新种对小鼠肠道免疫的影响,以具有肠炎缓解功能的脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）NCTC 9343作为参比菌株。研究结果表明新种菌株FXJYN30E22具有缓解小鼠的结肠炎的功效,表现为显著提高小鼠体重、降低疾病活动指数、增加结肠长度、减少小鼠肠道组织损伤、促进肠道屏障完整性以及降低肠道促炎因子水平,并且这些效果接近于脆弱拟杆菌NCTC 9343。此外,对小鼠盲肠短链脂肪酸以及肠道菌群的进一步分析结果表明,新种菌株FXJYN30E22缓解结肠炎的效果可能与其显著上调盲肠中乙酸和丁酸的产生以及降低肠道中另枝菌属和Butyricimonas属的丰度密切相关。综上所述,通过比较基因组学分析、系统发育学分析以及形态学、生理生化和化学特性分析证明了FXJYN30E22是Phocaeicola属的新种。基于体内结肠炎模型发现,该菌株能通过调节小鼠肠道菌群、增加短链脂肪酸产生、促进肠道屏障完整性和抑制肠道炎症反应等缓解小鼠的结肠炎。