【摘 要】
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为了解广州地区GII.4型诺如病毒流行株的基因组特征,本研究对两株广州株的全基因组序列进行了遗传进化分析.通过三段克隆法扩增并拼接获得毒株GZ2010-L88及L91的全基因组
【机 构】
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广东省微生物研究所华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省微生物应用新技术公共实验室,广东广州510070
【出 处】
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2014年全国生物技术与食品质量博士后学术论坛
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为了解广州地区GII.4型诺如病毒流行株的基因组特征,本研究对两株广州株的全基因组序列进行了遗传进化分析.通过三段克隆法扩增并拼接获得毒株GZ2010-L88及L91的全基因组序列.借助生物信息学工具发现,两毒株基因组全长均为7556bp,编码3个开放阅读框,大小分别为5100bp、1623bp及807bp.多重比对结果显示,两毒株与不同基因型人源诺如病毒基因组的同源性为53.0％-97.5％,其中与GU991354|SH5株同源性最高.根据病毒基因组及各ORF区核苷酸序列构建系统进化树,表明两毒株均属于GII.4-2006b亚型,且未发生基因重组现象.此外,通过收集了602条GII.4-2006b型NoV衣壳蛋白序列对其遗传多样性进行分析,发现其中存在易变异位点15处,关键表位A、D、E的氨基酸序列为ASRNSE、GTT/STT、SNV/SDV.本文对两株广州株GZ2010-L88及L91进行了全面的基因组序列分析,诺如病毒基因组信息的积累不但有助于对病毒流行特点的认识,同时将为病毒进化机理研究提供重要参考数据.
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