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复杂重大科技工程属于复杂巨系统工程，其评价在整个工程中发挥巨大作用，是合理建设的重要依据，工程实践迫切需要有针对性的评价方法论指导。本文以系统理论为指导，结合复杂重大科技工程的特点，从工程建设本质目标、质的影响、量的影响三个角度提出经济效益评价应考虑的三个维度，即经济功能、经济结构、经济增长，以期为复杂重大科技工程经济效益评价提供一种思考的方法。