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分子育种(molecular breeding)是借助分子生物学手段在分子水平对微生物的遗传物质进行改造的一种新兴技术，主要包括基因工程育种和代谢工程育种。以PCR为基础的基因破坏方法第一次在酿酒酵母中被报道后，其方法和技术得到了迅速的改进和发展，目前在酵母中已经广泛应用。本文主要介绍这种方法在酿酒酵母分子育种中应用的基本原理和研究方法，以及与其他传统基因破坏方法相比较的优缺点，存在的问题等。说明以PCR为基础的基因破坏方法在微生物分子育种中能够避免繁琐的基因克隆操作，省时、省力、方便。