【摘 要】
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利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Uni
【机 构】
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湖南农业大学园艺园林学院,国家中医药管理局亚健康干预技术实验室,中国农业科学研究院蔬菜花卉研究所,
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利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes(38 Mb),通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点(2.24%),其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14~25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3~4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以(AG/CT)n、(AT/AT)n、(AAG/CTT)n、(AGC/CTG)n、(AGG/CCT)n和(ATC/ATG)n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的(CG/CG)n和(CCG/CGG)n重复。通过L9(34)正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10μL PCR体系中含DNA 20 ng,1×PCR缓冲液,MgCl220 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。
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