香蕉枯萎病由病原真菌尖孢镰刀菌4号生理小种引起，其根际微生物组是抵御病原菌入侵的关键屏障。根际原生动物群落在根际微生物群落调控以及植物健康方面有不可忽视的作用。利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析连作蕉园中植株发病前后根际土壤原生动物群落特征变化以及其与病原菌的相互关系。结果表明：相较于可培养细菌与真菌，原生动物的数量对病原菌的种群数量变化的影响更大；根际原生动物的群落多样性与丰富度都随植株生长而降低，且在发病植株中更低；抽蕾前后的健康与发病植株中根际原生动物群落结构存在显著差异；总体而言，吞噬型原生动物的相对丰度显著高于其他功能类型的原生动物，且在健康与发病植株中差异显著；吞噬型原生动物中与病原菌具有显著相关性的多为丝足虫门；在抽蕾期的健康植株中，丝足虫门的高丰度属中Group-Te与Cercomonas属与病原菌呈显著负相关；在抽蕾期的患病植株中，相对丰度较高的植物致病型原生动物Pythium属与病原菌呈显著正相关。综上所述，根际土壤中原生动物对病原菌的影响较大，在植株生长过程中，原生动物的群落特征发生改变，且在发病与健康植株中存在差异。与病原菌具有显著负相关的吞噬型原生动物，尤其是丝足虫门的部分高丰度属，可能会在防控香蕉枯萎病上产生一定潜力。