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对新疆昌吉和石河子两地种植的甜菜内生菌进行了分离、鉴定和分析,结果表明甜菜内生菌多属于细菌,其中假单胞菌(Pseudomonas sp.)和芽孢菌类(Bacillus sp.)的分离频率分别在33.2%～59.2%和12.7%～28.1%,是甜菜植株中的优势内生菌群。16S rDNA和ITS序列同源性比较和系统发育分析表明内生菌具有丰富的多样性。根中内生菌的多样性高于茎、叶,昌吉地区种植的甜菜中分离出的内生菌种类较多。从感病品种及生长不良甜菜植株中分离出的内生菌种类比较丰富。通过回接分离及利用扫描电