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在慢性HBV感染者，经常发现CP[主要集中在基本启动子(BCP)]区的突变。CP突变因改变pgRNA和前C mRNA产量或平衡而影响HBV cceDNA分子的转录活性，导致病毒基因的复制、表达和致病性的改变。HBV cccDNA被认为负责病毒的持续存在和重新激活。然而，目前肝细胞内决定cccDNA转录状态的因素并不清楚。不同HBV变异株的转录和复制活性也不同。因此，联合检测肝内pgRNA和cccDNA比单独检测cccDNA能更准确地估计HBV存在和复制活性。