【摘 要】
：
为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序.采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析.结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp.与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87％)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同
【机 构】
：
贵州工程应用技术学院生态工程学院,贵州毕节551700
论文部分内容阅读
为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序.采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析.结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp.与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87％)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型;获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路.在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点,共检测到48 808个SSR位点.提示获得有注释信息的unigene共117 414条,此外,获得一些SNP和SSR位点.结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础.
其他文献
以果园典型路面不平度的采集为研究对象,建立基于激光雷达点云处理的路面不平度采集方法,搭建了基于三维激光雷达的路面不平度采集系统平台,结合点云处理技术完成路面高程信息的提取;采用AR(au?to regressive,自回归)模型依据比例分析法对路面功率谱密度进行计算,确定不平度等级,并通过加速度振动记录仪进行系统验证,利用系统开展典型果园路面不平度数据信息采集试验.试验结果显示,果园路面不平度结果为水泥路面主要集中在B级,B级占比82.33％;砂石路面主要集中在C级,C级占比84.00％;泥土路面主要集中
为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征,采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序,并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释.结果表明,家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格,分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点.脂肪体的SNP位点数量均少于中肠;彩4、东肥脂肪体每个unigene上的平均SNP位点数量分别为5.84、5.31;中肠每个unigene上的平均SNP数量分别为7.69、7.31个.SNP类型中,转换均高于颠换
为研究甲苯咪唑(mebendazole,MBZ)在团头鲂体内的分布和排泄规律,将MBZ以20 mg/kg单次灌服给药,在给药后的第0.25、0.5、1、2、3、4、5、6、7和8天进行水样采集,经固相萃取法提取净化后,采用液质联用仪(LC-MS/MS)测定水样中MBZ及其代谢物羟基甲苯咪唑、氨基甲苯咪唑的浓度.于第8天水样采完后,处死试验鱼,采集血液和肝、肾、鳃、肌肉等组织并称质量,用QuEChERS法进行提取净化,LC-MS/MS检测各组织中MBZ及其代谢物的浓度,并计算出各组织中的回收量.结果显示,M
为选育适合江淮稻区种植的粳稻品种,按照杂交育种亲本选配4原则,以早熟晚粳品种镇稻18号作母本与中熟中粳品种盐稻11号作父本杂交,育成中熟中粳品种镇稻23号(苏审稻20200008)、迟熟中粳早熟品种镇稻32号(苏审稻20210010)、迟熟中粳品种镇稻33号(苏审稻20210050)等3个不同生态类型粳稻新品种.结果表明,通过常规杂交构建育种群体,F2中小群体精细处理,F3开始建立株系,F3及以上世代利用系谱法,根据农艺性状逐代进行选择和归类整理,结合品质、抗性和适应性的鉴定、筛选,持续优中选优,直至获得
为研究荷花的耐盐碱机制,以混合盐碱胁迫处理前后的抗性荷花品种黄帅TO及敏感品种台湾磨盘莲SE为试验材料,进行转录组测序,并运用qRT-PCR法验证测序结果的准确性.2个品种在混合盐碱胁迫下共检测到4 916个差异表达基因,其中,上调表达基因3 101个,下调表达基因1 815个,对抗性品种的49个特有差异基因进行分析发现,与细胞壁合成有关基因在耐盐碱胁迫中起着重要的作用;GO富集分析发现,敏感品种与抗性品种差异基因富集最多的条目相同,但敏感品种富集的差异基因数目更多,推测不同材料间基因功能的差异在决定材料
苹果可溶性固形物含量(soluble solid content,SSC)是影响果实质量的重要因素,利用近红外光谱(NIR)技术则可以实现对苹果SSC的无损检测.为获得稳健的多品种苹果无损检测通用模型,本研究将模型更新方法与变量筛选方法相结合,对红富士(Red Fuji)、青苹果(Green apple)、黄元帅(Golden Delicious)、红玫瑰(Rose)和乐淇(Lokit)等5个品种苹果的SSC进行无损检测.结果表明,更新后的新模型可以实现对5个品种苹果的SSC的高精度预测,此时模型预测均方
为探明不同光照模式调控下优质肉鸡性成熟的分子调控机制,以期为提高优质肉鸡生产性能提供理论依据.选用了0日龄F系母鸡,分别于3间密闭式鸡舍内设计不同类型的光照模式.12周龄时每组各选取3羽采集下丘脑,利用Illumina HiseqTm2000进行高通量测序,通过生物信息学方法进行差异表达基因筛选及功能分析.结果表明,9个样品均获得了 54×106条以上的reads,总碱基数约6 Gb,共发掘新基因684个;对照组与试验组T2的基因差异表达较显著,其中,有111个基因上调表达、78个基因下调表达;对照组和试
以优化施肥模式为目的,以常规分次施肥为对照,在机插缓混一次施肥技术的基础上,利用不配施磷缓混肥(0％P-BBF)、50％磷含量的缓混肥(50％P-BBF)、缓混肥(100％P-BBF)以及普通磷肥换聚氨酯磷酸二铵的缓混肥(C-BBF)处理,研究缓混肥不同磷配比及磷肥类型对水稻产量和群体生长的影响.结果表明,与常规分次施肥CK相比,100％P-BBF处理提高了水稻单位面积茎蘖数和干物质积累,使得水稻产量最高.50％P-BBF处理保证了水稻的正常生长,可以维持或提高水稻产量,与100％P-BBF处理差异不显著
以早粳稻品种龙粳31为供试材料进行盆钵试验,设置播种量和苗后水分管理2因素完全随机区组试验,3个播种量即A1(480 g/m2)、A2(600 g/m2,对照)、A3(720 g/m2),1叶1心期开始水分管理,3种水分管理方式,即土壤含水量约50％(H)、100％(R),土壤表层浅灌水层1cm(S),研究不同处理对秧苗及根系的生长影响.结果表明,随着播种量的增加,秧苗充实度、壮秧指数、根长等明显降低,H处理A1的壮秧指数比A2、A3处理高18.2％、45.9％.苗后水分管理对茎基宽、株高、充实度等均有极
以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索.使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析.结果表明,共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11 482个,出现频率为6.93％,平均距离为20.92 kb,平均长度为20.80 bp.紫芽六堡茶转录组SSR中,双碱基重复是主要的重复类型,占总SSR的19.03％,GA/TC、GAA/