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针对光谱仪在实验室测得的高光谱数据,提出一种高光谱数据处理系统,包括数据输入输出、数据重采样、数据预处理以及待测目标处理4大功能模块,并以不同水深的水体为待测目标,在ENVI平台下利用IDL语言开发水深反演模块。实验结果表明:该系统能够实现数据准确高速处理,并且处理结果可视化,同时该系统具有可扩展性,可以实现其他实测光谱数据的分析应用。