1644年，崇祯在煤山自缢，福王朱由崧在南京建南明。刚登上皇位的朱由崧当然希望能在南京安稳地做他的南明梦，所以就派兵部右侍郎兼右佥都御史左懋第为使节，北上与清军议和。任何单方面的请和都是无能的表现，对于这次请和，左懋第是不赞成的，到临行之时，他还在愤慨上疏：“望皇上时以先帝之仇、北都之耻为念，不以北行和议为必成，不以和成为足恃……”
　　顺治在太和门举行登基大典不久，左懋第到了燕京。此时的燕京已经成了大清的国都，身为明使的左懋第心里自然有说不出的滋味。他的使团先被安排进了四夷馆，后来才住进鸿胪寺。在左懋第看来，无论住在四夷馆还是鸿胪寺，都是对自己的一种讥讽，因为自己是堂堂大明使臣，并不是来归附清廷的。
　　燕京的初冬，草木凋零，在燕京生活了多少年，左懋第头一次感觉寒气逼人。“胡尘暗，几经秋，泪空流。此身谁料，身囚燕州，心怀神州。”在鸿胪寺，左懋第感慨之余，写下了这首诗。他对这次议和并没有多少期待，他本想把投清的吴三桂重新拉回来，也没有看到希望，所以只待了月余便结束行程，打算返回南京。
　　不料左懋第率领他的使团离开燕京后刚过沧州，就被清摄政王派来的清兵截回。左懋第感到凶多吉少，他对使团副使陈弘范说：“我决以残躯报国，希望你转告朝廷内外掌权诸公，务必加强淮扬一线军备！”可怜的左懋第哪里知道，陈弘范已经投向清廷，这些嘱托反而加快了清廷扣押他的步伐。
　　也许是左懋第身上那种令人敬畏的浩然正气震惊了清摄政王多尔衮，多尔衮对这位大明忠臣有足够的兴趣，一心想要留住他。
　　左懋第被追回来后，就被软禁在太医院。这种事情在历史上已经不止发生过一次，西汉苏武出使匈奴就曾被扣押过，他留居匈奴19年，持节不屈；宋末文天祥兵败被俘，关押3年，宁死不降。对于苏武，左懋第是非常了解的，这位汉朝大臣持节不屈的气概早就根植他的心灵，所以他被软禁在太医院时，画了一幅苏武牧羊图，写了一副“生为明臣，死为忠鬼”的对联挂在墙上。有来劝降者，他便指着画像和对联说：“这就是我的志向，其他的不必多说！”
　　在多尔衮组织的劝降人员中，有三个人可以提及。第一个是洪承畴，此时，这位在松锦大战被俘的大学士已经投靠清廷两年多。左懋第见到昔日的洪大人，怒目而视却又不失风范：“洪大人已为大明殉难，由先帝赐祭赐葬，鼠辈怎敢冒洪大人之名来劝我投降？”这位洪大人本也是风光无限之人，哪里受得了这般羞辱。从来做这种说客的人都挺不起腰杆，抬不起头，于是洪承畴一脚深一脚浅地离开了太医院。
　　第二个来劝降者是李建泰，崇祯曾赐宴为李建泰送行，亲手给他斟酒三杯，他却成了李自成的俘虏，所以李建泰刚入门，左懋第就大骂：“这不是先前蒙先帝宠任、御饯督师的李建泰吗？老贼你不能殉国而降闯贼，又有何颜面来见我！”
　　面对这些软骨头，看看自己的处境，想想大明的江山，左懋第怎么能不吼不骂？他骂得最痛快的是他的堂弟，那个与他同朝为官的左懋泰。左懋泰是崇祯七年（1634年）进士，闯王破京时，他兄弟二人同在京城为官，面对突变的严峻形势，左懋第选择精忠报国，左懋泰则先降火顺后降清。然而，堂弟对左懋第来说，不仅有兄弟之情，更有葬母之恩。1644年清军入关，左懋第不在京师，身在燕京的左懋第的母亲便在左懋泰的安排下，仓皇逃离，南归莱阳。不料逃归家乡的路上，左懋第的母亲不忍面对国破君亡的现实，绝食而死。左懋泰扶柩归葬。
　　左懋泰来劝左懋第投降，在多尔衮看来是再合适不过了。面对自己的兄弟，左懋第痛快地喝了一杯，说：“我喝下这杯酒，感谢你代我养母之情。”喝下第二杯酒时，左懋第说：“这第二杯，感谢你代我葬母之恩。”接着他又举起第三杯，说：“这第三杯，我要骂你没有骨气，懋第没有降敌之兄，我们就此断绝兄弟关系！”说完连酒带杯子摔在地上。他痛恨这些走狗，他想到了清军攻打莱阳造成的“癸未邑难”，在这次邑难中，左氏家族中有40人不屈而死。他想到了左家一门忠烈，想到了半路绝食而去的母亲，想到了苏武、文天祥，想到了壮烈殉国的史可法。
　　到1645年6月，左懋第已经被清廷关押了半年多的时间，其间任何的折磨和利诱都没能改变这位民族英雄的气节。于是，他被推到了菜市口。其时，城中士民拜送者数以万计。刀光之下，左懋第从容就义，时年45岁。
　　左懋第就义后，在关押他的太医院的墙上，发现了他写的一首绝命诗。其诗中，一腔忠烈，长啸而出。一心想劝降他的多尔衮读后感叹地说：“前有天祥（文天祥），今遇仲及（左懋第字仲及），我辈弗如也！”1776年，乾隆追左懋第谥号“忠贞”，以表达对这位汉人的敬仰。
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