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在近几年的多发性硬化研究中，神经轴索损伤越来越受到重视，有资料证明轴索损伤与活动性病灶内的炎症相关。在看起来正常的脑白质内也有轴索损伤。轴索的丢失常常引起多发性硬化患者永久神经功能缺失，所以预防轴索损伤和储存神经功能的治疗就愈显重要。先进的影像学技术证明一些目前应用的免疫调节剂不仅调节免疫反应还可以减少轴索损伤，但炎性活动中的轴索保护作用的确切机制沿不清楚，一些诸如影响轴索传导的功能性损伤和直接导致轴索结构性破坏的因素都是多发性硬化治疗研究的目标。