【摘 要】
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背景胆管癌恶性程度高,预后差.靶向治疗是胆管癌的重要研究方向,探索新的分子靶点对于胆管癌靶向治疗至关重要.目的用生物信息学分析方法挖掘胆管癌的枢纽基因,为胆管癌的靶向治疗提供潜在分子靶点.方法从GEO数据库中下载2组胆管癌表达谱芯片数据,采用GEO2R在线分析工具筛选胆管癌肿瘤组织与正常组织差异表达基因,对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用网络分析,利用Cytoscape
【机 构】
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天津市第三中心医院检验科,天津市重症疾病体外生命支持重点实验室,天津市人工细胞工程技术研究中心,天津市肝胆疾病研究所
【基金项目】
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天津市卫生计生行业高层次人才选拔培养工程青年医学新锐项目~~；
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背景胆管癌恶性程度高,预后差.靶向治疗是胆管癌的重要研究方向,探索新的分子靶点对于胆管癌靶向治疗至关重要.目的用生物信息学分析方法挖掘胆管癌的枢纽基因,为胆管癌的靶向治疗提供潜在分子靶点.方法从GEO数据库中下载2组胆管癌表达谱芯片数据,采用GEO2R在线分析工具筛选胆管癌肿瘤组织与正常组织差异表达基因,对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用网络分析,利用Cytoscape软件筛选枢纽基因.使用GEPIA数据库对枢纽基因在胆管癌组织中的表达量进行验证.结果共得到共同差异表达基因158个. GO富集分析结果显示,差异基因主要参与细胞对锌离子反应、细胞增殖与粘附、代谢以及蛋白质聚合等生物学过程,主要存在外泌体、胞外区、弹性纤维等区域,主要分子功能与结合肝素、半胱氨酸型内肽酶抑制剂活性、蛋白质同源二聚化、受体结合及磷酸吡哆醛结合等相关. KEGG通路分析结果显示,差异基因主要参与矿物质吸收、代谢、PPAR信号通路及脂肪酸降解等过程.基于String数据库构建蛋白质相互作用网络图,Cytoscape软件CytoHubba插件筛选枢纽基因,皆为上调基因. GEPIA数据库验证枢纽基因在胆管癌组织中表达量显著高于正常组织.结论本研究获取了8个与胆管癌相关的枢纽基因,分别是NUSAP1, TOP2A, RAD51AP1, MCM4, KIAA0101,CDCA5, TYMS, ZWINT.这些基因为深入研究胆管癌的靶向治疗提供了新思路,有望成为新的分子治疗靶点.
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