基于GEO数据库鼻咽癌miRNA预后模型的构建

来源 :暨南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liangxiaoyan0307
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的本研究利用生物信息学方法筛选鼻咽癌组织与正常组织的差异表达micro RNA(miRNA),构建基于miRNA的鼻咽癌预后风险模型,同时进一步预测对应的靶基因,进而探索鼻咽癌发生机制的相关通路,为将来研究的开展提供方向及理论依据。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)官网下载鼻咽癌miRNA表达数据集以及临床随访信息数据。利用R语言的limma包筛选差异表达的miRNA,设置阈值为(FDR<0.05和|log2FC|>1.5)。将GSE32960数据集随机分成训练集和验证集,训练集先进行单因素Cox回归分析,筛选出候选基因,再进行套索算法(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,LASSO)和逐步回归进一步筛选并构建鼻咽癌预后风险模型。利用受试者工作特征曲线(Receive operating characteristic curve,ROC)及K-M生存曲线(Kaplan-Meier,K-M)对预后风险模型进行评估及内外部数据集验证。然后将临床特征和预后风险模型进行单因素和多因素Cox回归分析,评估模型计算的风险得分能否成为独立的预后影响因素;根据单因素和多因素分析结果,将临床特征及风险得分构建列线图模型及诺模图的决策曲线(Decision curve analysis,DCA)。最后利用micro T、miRanda、mircode等10中工具对差异表达的miRNA的靶基因进行预测,再通过Network Analyst 3.0和STRING进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。此外,收集6例鼻咽癌患者和6例正常健康人的石蜡组织样本,对模型中miRNA的表达进行验证,验证该模型在患者人群中的预后评估效能。结果1.本研究基于GSE32960数据集共筛选出160个差异表达的miRNA,经过单因素Cox回归分析后,得到11个miRNA(P<0.05);2.从LASSO回归分析及逐步回归中得到的5个miRNA,构建基于5个miRNA的鼻咽癌预后风险模型。通过ROC曲线和K-M生存分析,证明miRNA预后模型在不同的数据集中均具有良好的预测效能,其中高风险组较低风险组的预后差(P<0.05);3.根据单因素及多因素Cox回归分析结果表明该模型可作为独立预后因素,并将年龄、N分期、转移、复发、风险得分构建列线图模型,证明该方法具有良好的预测性能。DCA图结果显示诺模图及预后风险模型具有良好的预测效果;4.对5个miRNA的靶基因进行预测,共得到13个靶基因,对其进行PPI功能分析和KEGG通路富集分析,得到2个子网络。5.验证实验结果显示NPC组的hsa-let-7e-5p和hsa-miR-93-3p的表达量高于正常对照组,表现为表达上调,具有组织差异性。表明该模型具有一定预测价值。结论基于GEO数据库构建由5个miRNA组成的预后风险模型,能较好预测鼻咽癌患者的生存预后,对鼻咽癌患者预后的评估和高风险群体筛查有一定的参考价值,以便指导制定个体化治疗方案。
其他文献
目标追踪作为计算机视觉的热门研究方向之一,在自动驾驶、智能监控等领域发挥着不可替代的作用。由于目标跟踪技术的应用领域广泛,应用场景复杂,来自不同领域的学者们提出了各种目标跟踪算法,其中基于全卷积孪生网络的目标跟踪算法Siam FC(FullyConvolutional Siamese Networks for Object Tracking)由于追踪速度优异,自提出以来一直被广大研究者关注。然而该
学位
目的本研究的目的是测量和收集广东汉族成人鼻外形的各种数据,通过统计学的计算和分析,进一步研究符合一般审美观的鼻面关系及符合一般审美观的外鼻形态及数据特征,补充和完善中国外鼻形态数据,为临床外科医师在鼻部外形修复和整形术中提供外形和数据参考。方法本次研究选取的研究对象为广东地区成年汉族人258例,其中男性142例,女性116例。根据Farkas LG(1994)在医学上的头部和面部人体测量学中确定的
利用磁谐振增强磁场强度的机制不仅可以应用于光频段磁偶极子跃迁的研究,也可以用于提高无线充电系统的性能等,其在整个电磁波谱中均有较好的应用。相较于金属谐振结构的高损耗和高成本等缺点,基于全介质材料构成的磁谐振结构越来越多地应用于磁谐振调控的研究中。无论是金属结构或介质结构,考虑到实际样品在制备过程中会受到尺寸大小以及寄生无序现象的限制,采用理想周期结构实现磁谐振调控会相应受到一定的限制。与此同时,虽
目的:阐述改良保留神经的腹腔镜男性膀胱癌根治术的缘由及解剖基础,探讨我中心保留神经的男性膀胱癌根治术的技术要点、临床疗效及其与不保留神经的男性膀胱癌根治术的差异。方法:收集自2018年5月至2020年12月于暨南大学附属第一医院因膀胱癌(术前p T≤T2,术前具有性功能)行腹腔镜下保留神经的根治性膀胱切除回肠原位新膀胱术患者的临床资料,术中行标准淋巴清扫,切除膀胱、精囊、输精管及前列腺,注意保护盆
学位
认知偏差是个体认知局限性导致的简便决策的一种现象,认知偏差程度越高,给组织和个体带来的消极影响越大。对于以从事风险决策为核心工作的信贷人员来说,认知偏差将给理性决策带来客观上的阻碍,影响其贷款投放质量。信贷人员如果不能够正确认识并主动控制认知偏差,将对个人及组织的信贷绩效目标实现带来巨大挑战。G分行是国有上市银行的分行,其资产的核心构成是信贷发放,伴随着银行信贷业务经营发展的不断加速,资产质量管控
学位
目的:探讨极低出生体重儿喂养不耐受发生的影响因素,为喂养不耐受的早期发现,早期干预提供临床依据。方法:选取2013年12月至2020年12月在江门市新会区妇幼保健院新生儿重症监护病房(NICU)中住院的100例极低出生体重儿进行回顾性病例对照研究。对相关影响因素进行单因素分析,再进行逐步回归变量筛选的logistic回归分析。再按胎龄不同分成3个亚组(胎龄1组:小于30周;胎龄2组:30至32周;
目的:旨在基于转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-seq)分析维持性血液透析(Maintenance hemodialysis,MHD)患者与健康人群外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cells,PBMC)中m RNA表达谱变化,通过富集分析筛选对应的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),