目的 掌握甘肃省沙门菌、志贺菌、致泻性大肠埃希菌（diarrheagenic Escherichia coli, DEC）引起食源性疾病的感染流行特征，开展风险评估。方法 采集腹泻≥3次/d的就诊患者信息和粪便样本，进行沙门菌、志贺菌、DEC检测。结果 沙门菌、志贺菌、DEC总体感染率分别为1.53%（95%CI:1.33%～1.73%）、0.64%（95%CI:0.46%～0.71%）、3.60%（95%CI:3.33%～3.86%）。沙门菌、志贺菌和DEC感染率分别在3～＜6、6～＜15、15～＜25岁年龄组中最高。不同年龄、性别人群中致病菌感染率不同，3～＜6岁年龄组男性患儿沙门菌和DEC感染率最高，3～＜6岁女性患儿志贺菌感染率最高。DEC感染有明显季节性，夏秋季有持续高峰期，沙门菌和志贺菌全年最高峰分别在9、10月。报告的可疑暴露食品种类、食品包装方式、食品来源地不同，致病菌感染率不同。结论 甘肃省志贺菌、DEC流行水平较高，沙门菌较低，流行高峰期与其他地区有差异。不同性别、年龄组人群不同致病菌感染率不同，3～＜6岁学龄前儿童是3种致病菌感染的重点人群。散装食品消费可能导致更高的致病菌感染风险，来自超市的食品消费引起致病菌感染的风险较低。