目的：以中医方证相关理论为指导，采用iTRAQ蛋白质组学方法观察经典名方补气剂四君子汤、补血剂四物汤对自然衰老模型小鼠肝脏线粒体中蛋白质的影响，挖掘衰老相关的蛋白质标志物，进一步分析四君子汤和四物汤对衰老相关蛋白生物标志物的影响，为方证关系研究提供科学依据。方法：选取40只自然衰老雌性小鼠为研究对象，10只3月龄小鼠为空白组，其他小鼠饲养至16月龄时再将其进行随机分组，分为四君子汤组、四物汤组及模型组，每组10只。四君子汤组、四物汤组灌胃给药剂量为13 mL/kg, 3月龄空白组与16月龄模型组采用生理盐水灌胃，与给药组等体积比，剂量为13 mL/kg。摘取小鼠肝脏组织，并提取线粒体样本，采用同位素标记相对和绝对定量技术，对自然增龄模型小鼠肝细胞线粒体蛋白生物标志物进行研究和分析。结果：空白组与模型组共鉴定出差异蛋白496个；四物汤组有237个标志性蛋白质出现了良性回调；四君子汤组有256个标志性蛋白质出现了良性回调；同时受到四物汤组、四君子汤组影响的蛋白有493个。结论：通过蛋白质组学技术研究发现，补益气血剂对16月龄小鼠肝组织内质网中的蛋白质加工、剪接体及脂肪消化吸收等途径具有调节作用，通过调节这些信号通路的相关蛋白，进而对增龄产生的相关机体功能紊乱起到保护和调节作用。