秸秆沼气是利用农村现有的农作物秸秆，引进秸秆预处理复合菌剂，使秸秆中纤维素结构发生改变以及半纤维和木质素对纤维素降解所起的阻碍和屏障作用受到破坏，提高产气速率和产气总量，延长产气周期，实现秸秆生产沼气。解决了以前农村沼气池利用秸秆产沼气所造成的沼气池启动慢、分解率较低、结壳严重和出料困难等难题，比不预处理的初始产气时间提前4-8天，产气总量提高40％以上，且产气均衡。操作要点如下：
　　一、秸秆铡短
　　用铡草机将秸秆铡成3-6cm；玉米杆则需要用具有揉搓功能的秸秆揉搓机粉碎。每立方米沼气池需秸秆50kg以上。
　　二、秸秆润湿
　　将铡好的秸秆加水进行润湿(比例1：1)，操作时边加水边翻料，最好用粪水，润湿要均匀。润湿15-24小时，用塑料布覆盖，以利秸秆充分吸水。
　　三、原料拌制
　　用1kg菌剂和5kg碳铵(以8m³为例，400kg秸秆)，分层均匀撒到已润湿的秸秆上。边翻、边撒、边补充水分，将秸秆、菌剂和碳铵进行拌和，一般需要翻两次使之混合均匀。补充水量320-400kg，地面无积水，用手捏紧，有少量的水滴下，保证秸秆含水率在65-70％。
　　四、秸秆收堆
　　将拌匀的秸秆自然收堆，堆宽1.2～1.5m，堆高为1～1.5m(按季节不同而异)，热天宜矮、冬天宜高。并在料堆四周及顶部每隔30-50cm用尖木棒扎孔若干，以利通气。
　　五、秸秆堆沤
　　用塑料布覆盖，防止水分蒸发和下雨淋湿，覆盖时在料堆底部距地面留10cm空隙，以便透气、透风。堆沤时间夏季3～4天，春秋季4～5天，冬季6天以上。冬天宜在料堆上加盖稻草进行保温。待堆垛内温度达到50℃以上后，维持3天。当堆垛内能看到一层白色菌丝时，秸秆变软呈黑褐色即可。堆料即可人池。
　　六、混料入池
　　将堆沤好的秸秆趁热直接由天窗口加入，同时加入10kg碳铵和接种物；为保证加入均匀，应先进一部分秸秆，再进一部分接种物，如此反复直至进完为止。
　　七、补水封池
　　最后补水(温水)至零压水位线处，并在池内料堆上用长杆打孔若干，保证出气顺畅。选用水的顺序为沼液、粪水、坑糖水、河水、井水，pH值6.5～7.5，且未受毒害物质污染。过于偏酸或过于偏碱的水应调节好酸碱度后再使用。调节方法：偏酸应加入草木灰或澄清的石灰水溶液，偏碱的情况不多见，加醋酸可以调节。有条件的应将水晒热后加入池中，以提高启动时的池温。洗碗洗衣等含有洗涤液或消毒液的水不能进入沼气池。用无杂质、砂石的黄粘土摔打揉熟后封池。
　　八、点火试气
　　放气2-3天，把杂气排完，开始试火，若点不着，继续放气，直至点着。先用火机在灶具上点试气(甲烷含量在30％上火机能点着)。烧1～2天后，才能在灶具上打着火(甲烷含量在55％以上)，正常用气，秸秆沼气启动成功。
　　九、补充原料
　　对于以秸秆为主原料的沼气池，随着沼气的利用，秸秆会有一定消耗，沼气池运行中产气量出现较大波动时，应进行经常性搅拌。一般在产气量不能维持每天正常使用时(4个月以后)，可适当补加一部分堆沤好的秸秆。具体方法：先出一部分渣料，把堆制时贮存的预处理好的秸秆从进料口加入，50kg／次，从出料口用沼液冲人进料口进行强回流，使秸秆与沼液充分混合，保证正常供气。补料时应坚持先出后进、少量多次的原则；出料应观察压力表变化情况，压力表接近零时停止出料，防止出现负压损坏池体。注意：养猪户无需补料(主要是“一池三改”)，无猪户适当补加料。
　　十、大出渣料
　　在沼气池运行6-8个月之后，池中秸秆消耗殆尽，需要大出料(结合农时)。以8m³沼气池为例，原料全部采用秸秆，每年最多需投料两次。不提倡温度低时大出料。在保证沼气池内无沼气残留的情况下，可将天窗盖打开用齿钯将上层部分耙出，中部、底部相对较稀的部分，可用真空抽渣车直接吸出。出料时注意保留底部三分之一沼渣和沼液，留待下次进料做接种物使用。