基于GEO基因芯片数据集的肝性脑病差异表达基因生物信息学分析

来源 :胃肠病学和肝病学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:my163mail12
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目的 探索肝性脑病(hepatic encephalopathy, HE)的神经功能损伤的靶点基因以及基因的调控网络,为未来研究HE脑组织损伤的机制提供新思路。方法 检索GEO数据库,应用生物信息技术分析方法,筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),分析调控DEGs的非编码RNAs和调控因子。结果 GEO数据库中,GSE41919和GSE57193这两个数据集符合本研究。两个数据集均提示,HE患者存在诸多DEGs。其中,ADORA3等18个上调DEGs在两个数据集中均具有特异性。GO富集和KEGG富集提示,ADORA3等18个DEGs与机体的免疫反应和炎症反应密切相关。调控因子和miRNA在调控ADORA3等18个DEGs中发挥着重要的作用,其中,STAT3家族对于与炎症反应相关和免疫反应相关的DEGs均具有调控作用;miR-137这一与认知功能密切相关的miRNA,也表现出与DEGs的密切相关性。结论 HE中的DEGs与疾病的发生发展相关,生物信息学技术的方法为更深入研究HE的发病机制和治疗靶点提供新的思路。
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