【摘 要】
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目的 运用生物信息学方法，分析军团菌参考菌株全基因组序列，了解军团菌基因组特征，比较不同菌株间的毒力因子、耐药基因以及种系发生，为进一步研究军团菌基因组流行病学、遗传进化提供数据。方法 选择NCBI公共数据库中基因组序列完整、背景清楚、不同来源（临床、外环境）和不同种的代表性军团菌16株，运用开源基因组数据分析平台RAST、MAUVE、VFDB、CARD等进行生物信息学分析。结果 16株参考菌株基
【基金项目】
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重庆市教委科学技术研究项目（No.KJZD-K202002802）； 重庆市科卫联合医学科研项目（No.2021MSXM254）； 重庆医药高等专科学校校级项目基金（No.YGZ2020303）～～；
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目的 运用生物信息学方法，分析军团菌参考菌株全基因组序列，了解军团菌基因组特征，比较不同菌株间的毒力因子、耐药基因以及种系发生，为进一步研究军团菌基因组流行病学、遗传进化提供数据。方法 选择NCBI公共数据库中基因组序列完整、背景清楚、不同来源（临床、外环境）和不同种的代表性军团菌16株，运用开源基因组数据分析平台RAST、MAUVE、VFDB、CARD等进行生物信息学分析。结果 16株参考菌株基因组大小在（3.13～4.23）Mbp,编码基因（CDSs）3 018～3 954个，划分为265～387个亚系统。同种军团菌基因组结构基本相同，非嗜肺军团菌（非LP）不同菌株之间基因组结构差异大，同时存在较多非保守区域。嗜肺军团菌血清I型（LP1）和米克戴德军团菌（L.micdadei）各属于1个种系进化主分枝，LP1细分为3个小分枝。临床分离的LP1携带的毒力因子类别和数量最多。菌株YU237缺失Dot/Icm T4BSS分泌系统，其余参考菌株都具有分泌系统的4种毒力因子，临床分离的LP1携带的T4BSS效应蛋白毒力因子数量为31～35个，其它参考菌株3～5个。16株参考菌株都携带有adeF耐药基因，部分菌株携带有LpeA、LpeB、FEZ-1耐药基因。结论 不同种的军团菌基因组存在差异，而种内相对保守；相对于临床分离株，外环境非LP不同菌株基因组种间差异大。LP1军团菌存在遗传分化现象。毒力因子种类和数量跟LP1军团菌的致病力相关，特别是T4BSS效应蛋白。全基因组生物信息分析技术，可以对可能的耐药基因进行预测，为临床治疗提供辅助参考，同时可以解析病原菌的遗传和功能特征。
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