【摘 要】
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内标准基因是转基因成分定性定量检测的关键要素。本研究通过对先前研究报道的7个内标准基因的核苷酸序列分析，设计了13个扩增区域（扩增子）；利用208个普通玉米品种（系）对这13个扩增子进行高通量测序与分析，并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估，以获得合适的基于二代测序技术的定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子。研究结果显示，这7个内标准基因的13个扩增子在208个
【基金项目】
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湖北省自然科学基金面上项目（2021CFB563）；
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内标准基因是转基因成分定性定量检测的关键要素。本研究通过对先前研究报道的7个内标准基因的核苷酸序列分析，设计了13个扩增区域（扩增子）；利用208个普通玉米品种（系）对这13个扩增子进行高通量测序与分析，并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估，以获得合适的基于二代测序技术的定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子。研究结果显示，这7个内标准基因的13个扩增子在208个玉米样品中的检出率为94.7%～100%，而在水稻、大豆、棉花、白菜等25个非玉米样品中均未被检出，基本符合内标准基因种内高度一致与种间高度特异的标准；种内保守性分析显示E3-UBI-1扩增子不含单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism， SNP）和插入缺失（Insertion-deletion， InDel），而剩余12个扩增子至少含有一个SNP或InDel；稳定性分析结果显示最不稳定的内标准基因扩增子是IVR，最稳定的是ADH1-2；它们的动态检测范围为0.2～200 ng。综合上述结果，ADH1-2与E3-UBI-1比较适合作为二代测序技术平台中定量检测玉米DNA含量或转基因玉米成分的内标准基因扩增子。
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