【摘 要】
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目的在单核苷酸多态性(SNPs)数据中探讨不同模拟条件χ2检验结合错误发现率(FDR)筛选SNPs位点的适用条件。方法依据2009年2月发布HapMapⅢ期美国犹他州北欧和西欧后裔人群22
【机 构】
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哈尔滨医科大学卫生统计学教研室,哈尔滨医科大学卫生经济学教研室,
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目的在单核苷酸多态性(SNPs)数据中探讨不同模拟条件χ2检验结合错误发现率(FDR)筛选SNPs位点的适用条件。方法依据2009年2月发布HapMapⅢ期美国犹他州北欧和西欧后裔人群22号染色体前5 000个SNPs数据,采用HAPGEN2模拟病例对照数据,运用Haploview4.2筛选标签SNPs(TagSNPs),比较不同模拟条件筛选致病SNPs的正确率。结果相对危险度(RR)获取方式无显著差异;3种遗传模型均表现正确率随RR值增大而增高,RR相同时,加性模型正确率最高,显性模型次之,隐性模型最低;加性模型RR>2.2、显性模型RR>4和隐性模型RR>5时,正确率超过60%。结论χ2检验结合FDR在加性模型效果最佳,实际科研工作需依据目标疾病具体情况考虑是否适合χ2检验结合FDR方法。
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