一、注意秸秆的翻埋量　秸秆直接还田时翻埋量不宜过多，一般667平方米500千克以下为宜，否则会影响秸秆腐解的速度，而且秸秆腐解过程中产生的各种有机酸过多，还会对作物根系有所损害。
　　二、注意加强水分管理　土壤水分状况是决定秸秆腐解速度的重要因素，所以秸秆直接还田，需把秸秆切碎后翻埋土壤中，翻埋深度20厘米左右。一定要覆土严密，防止跑墒。对土壤墒情差的，翻耕后应灌水；而墒情好的则应镇压保墒，促使土壤密实，以利于秸秆吸水分解。
　　三、注意翻压时间和方法　秸秆还田要尽量边收割边耕埋，因初收获时含水较多，及时耕埋利于腐解。
　　四、注意补施养分　补施养分，是为了解决微生物与作物幼苗争夺养分的矛盾。因为一般粮食作物秸秆的碳氮比很低，如不增施化学氮肥，微生物为了分解有机物质，必然会与作物幼苗争夺土壤中速效氮素，影响幼苗的正常生长。因此，在秸秆还田的同时最好施用氮肥，调节碳氮比至30:1左右。也可适当增施过磷酸钙，以增加养分，加速腐解，提高肥效。
　　五、注意避免病害传播　为了减少病虫害的传播，应避免把病虫害严重的大麦、小麦、玉米、大豆等秸秆直接还田，可将这些秸秆高温堆沤后再施用。