【摘 要】
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目的 分析2021年宁夏新型冠状病毒（简称新冠病毒）测序质量，探索影响因素。方法 2021年10—12月宁夏44份新冠病毒核酸检测阳性样本，以新冠病毒基因组NC＿045512.2为参考序列，使用Seqkit、Bowtie 2和Samtools软件统计各样本测序Reads数、基因组覆盖度和平均测序深度，用Ivar软件拼接生成新冠病毒全基因组序列后，使用Quast软件对其质量进行评估。结果 44份样本
【基金项目】
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宁夏重点研发项目（2018BEG03065;2020BEG01001）；
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目的 分析2021年宁夏新型冠状病毒（简称新冠病毒）测序质量，探索影响因素。方法 2021年10—12月宁夏44份新冠病毒核酸检测阳性样本，以新冠病毒基因组NC＿045512.2为参考序列，使用Seqkit、Bowtie 2和Samtools软件统计各样本测序Reads数、基因组覆盖度和平均测序深度，用Ivar软件拼接生成新冠病毒全基因组序列后，使用Quast软件对其质量进行评估。结果 44份样本的ORF1ab基因CT值在14～35，测序Reads数在1.5 M～9.8 M，其中41份样本的基因组覆盖度均在99.0%以上、占93.18%;42份样本拼接后得到完整基因组、占95.45%，基因组分数均在99.00%以上；41份样本的平均测序深度在2 000 X以上、占90.91%。结论 44份样本测序质量较好，病毒载量和病毒序列完整度是影响2021年宁夏新冠病毒测序质量最关键的因素，在基于捕获后进行新冠病毒全基因组测序中，测序Reads数达到1.5 M即可满足基因组拼接需要，继续增加测序Reads数对基因组拼接质量无明显提升。
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